龙树菩萨大约出生于公元二至三世纪，是南天竺的婆罗门种姓。龙树天资特别聪明，在很小的时候，听婆罗门诵读《吠陀》经典，只要听过一遍就能全部背诵出来。到二十岁以后，他对天文、地理、数学、工巧、武术以及婆罗门教典和道术等等各种学问，几乎都已学完，而且无不精通，领悟力也很强，因此在青年时就已闻名全国。
他有三个同龄好友，同样学识超群、聪慧俊杰。一天，他们四人在一起议论道：“天下的学问我们都已经学遍，极其幽深难懂的哲理也已经通达，从今以后还有什么乐趣？纵情声色是人生最快乐之事，然而我们既非王公贵族，也非修道之士，不能随心所欲；只有学隐身术，才能如愿以偿。”不久，他们听说一个术士会隐身术，就去登门求教。那术士看到他们四人后，暗暗思量：“这四个人名扬一时，心高气傲，现在因为学隐身术，这才屈就于我，我如果把隐身术都传给他们，他们才智绝世，各种学问技艺之中，只是不知道隐身术，如果他们学会了隐身术，必然还会离去，不肯再屈就当我的弟子。我不妨把隐身药给他们，让他们也可以隐身，但却不知具体方法，他们用完隐身药后，必然再来求我，如此还是我的弟子。”于是术士就给他们每人一粒药丸，同时叮嘱他们：“你们在僻静的地方，用水将药丸磨化涂在眼睑上，人们就见不到你们。”龙树听后当场试磨，闻了闻药丸的气味，对术士道：“你一共用了七十种药物合成，对吗？”术士非常诧异，问他怎么知道。龙树就说：“我是从气味中辨别出来。”还把各种药材名称、分量多少一一说出，没有一毫差错，术士自叹不如：“像你这样的人，真是百年难得一遇，听到名字都很难得，何况如今你我有缘相遇，我这种鄙陋的法术，又有什么值得吝惜！”于是就把隐身术的奥秘倾囊相授。
龙树等四人仗着隐身术，从此经常自在出入王宫之中，恣情取乐，宫中美女都被他们轻薄。这样过了一百多天，宫中这些美女之中，竟有人怀孕了。国王听到这个消息，大为忿怒，严加责问。妃子们哀泣说：“不是我们不守妇道，而是睡梦中有妖人作弄。”国王召集大臣商议对策，有一位年老大臣说：“这等怪事，只有两种可能：一是鬼魅作崇，一是术士捣乱。陛下可派人以细土撒于宫中各处，派人监视查看，若是术士则有足迹，若是鬼魅则无足迹，鬼魅可用咒语灭除，人则可以刀斧砍杀。”国王采用这一建议，立刻付诸实施。不久卫士来报，确是术士所为。国王当即下令紧闭宫门，并派出数百位武士，手挥刀剑望空乱砍。那三个婆罗门术士都被乱刀杀死，只有龙树因为药性未过，没有现出身形，他又屏气凝声藏在国王背后，心中暗自发誓：“若我能够逃脱此劫，必定皈依佛门，出家为僧。”
龙树逃出王宫，反思此前经历，恍然醒悟，这才明白佛陀所说，贪欲正是痛苦之本、众祸之根，大凡败德丧身之事都因欲望而起，于是下定决心皈依佛门。龙树来到一座山上，这座山上有座佛塔，龙树就向其中一位沙门虔诚磕头，请求出家受戒。龙树在佛塔中待了九十多天，读完三藏经论，心里仍不满足，但是当时再无其他经论。于是龙树辞别师父下山，又寻访到北天竺雪山深远处一座佛塔，塔中有一位老比丘，精通大乘经典，龙树用心研读、请益。三个月后，龙树背熟经典，并且通达经义，仍感到不满足，于是周游各地，想要寻获其他经典。然而龙树寻遍了阎浮提，也找不到任何经典。周游途中，龙树也遇到诸外道及小乘佛学者，这些人都辩不过他，全部被他折服。龙树逐渐产生骄傲之念，认为佛法虽然较诸外道高明深奥，但也不难穷尽，不能满足自身需求。于是，龙树萌生非分之想，想要别出心裁，另立一教，自为教主，广收徒弟，宣扬自家学说，并要自立新戒，创新法衣，择定吉日为弟子等行之。
这时候有一位大龙菩萨，看见龙树如此行径，知道他已走入歧途，于心不忍，特地来找龙树，并对他说：“年轻人啊！你不能持井蛙之见，你的智慧再高，能超过佛陀吗？你跟我去一个地方，让你看看大乘经典，你再下结论吧！”大龙菩萨就把龙树领到一个深山的石洞里，入洞走了数步，竟是另外一个世界，但见殿宇金碧辉煌，环境清幽。大龙菩萨将龙树领进了龙宫，打开一个个玉石制造的宝库，里面藏着无量无数大乘经典，宝库发出阵阵幽香，这些大乘经典，不仅卷帙繁多，而且深奥无比。大龙菩萨对龙树说：“年轻人啊，这下够你诵读了吧？”龙树震撼不已，于是留在龙宫，尽情诵读大乘经典。
这下龙树非常满足，龙宫所藏大乘经典，比阎浮提现存经典要多出无数倍，义理更加精妙深奥。龙树如饥似渴，昼夜阅读，遇到不明之处就向大龙菩萨请教，视野顿时开阔，心境早已改变，读得越多就越谦逊。这样不分昼夜，经过九十多天，龙树已经读完无量精妙经典。大龙菩萨过来问道：“这里所藏经典，你都看完了吗？”龙树谦逊地回答说：“此处所藏经典，实在无量无数，我一辈子都读不完。我挑选适合自己持诵之经典，这段时间已通读者，就已超过南阎浮提现存经典十倍以上。”大龙菩萨正容说道：“像我宫中这些经典，世间各地还有很多宝库，都与此处藏经相当，宝库之数，不可胜数。”龙树此时早已明白，佛经浩如烟海，佛法博大精深，没有任何外道可以超越，就算尽其一生也不可能读完所有佛经。龙树在龙宫中悉心诵读经典，获得极高成就，具足无生二忍具足。大龙菩萨看到龙树成就可嘉，将龙树送出龙宫回到南天竺。自那以后，龙树菩萨大力弘扬佛法，摧伏各家外道，广明大乘正法，作《优波提舍》十万偈，又作《庄严佛道论》五千偈、《大慈方便论》五千偈及《中论》五百偈，又造《无畏论》十万偈，令大乘佛教大行于天竺，被他感化的婆罗门外道不计其数。
当时有一位婆罗门上师，擅长咒术，看到龙树菩萨名闻遐迩，心生嫉妒，想和龙树菩萨一争高下，他奏明天竺国王说：“我能胜过这位比丘，请大王来检验。”天竺国王就规劝他：“你真是大愚人，龙树大师已是菩萨，明光可与日月争辉，智慧已与佛陀并照，你怎能如此不谦逊，不尊敬他？”婆罗门回答说：“大王被他巧言迷惑，我料他没有什么真本事，如若不信，就让我们比试比试。”天竺国王见皮罗门如此冥顽不灵，只得准奏。比赛那天早上，天竺国王与龙树菩萨先坐在听政殿上，婆罗门其后也来到殿上。他见国王如此尊重龙树，心中更是不悦，就在殿前作法，马上变化出广大清净的池子，池中涌现千叶莲花，婆罗门端坐莲花上，傲慢地说：“龙树，你如今蹲坐在地上，就像畜生一样，我却坐在莲花之上，宛如天神一般，竟敢与我莲座上的大德智人辩论？”龙树菩萨也不答言，从容离开座位，也用咒术化作一头六牙白象，端坐其上，绕池一周，然后举步池中，接近莲座，六牙白象就用象鼻拔起莲座，高高举起，摔于地下。婆罗门被摔到地上，扭伤腰部，狼狈落败。婆罗门这时也知道，自己不是龙树菩萨对手，匍匐于地，叩首恳求：“恕我不自量力，毁辱大师，我愿归依佛门，还请大师收为弟子，开我愚蒙！”
由于龙树菩萨弘传大乘教法，与小乘部派佛学及婆罗门等教派产生激烈斗争。当时有位小乘法师，对龙树菩萨很忿恨嫉妒。龙树菩萨将要示现圆寂，就问这位小乘法师：“你乐意我长期停留世间吗？”小乘法师答道：“我实在不愿意。”于是龙树菩萨退入内室，一天都未出门。弟子破户查看，发现龙树菩萨已经坐化。龙树菩萨住持佛法，度人之多不可称数，因此天竺各国纷纷建庙，崇敬供奉有如佛陀。关于龙树菩萨世寿，或说百岁，或说一百五十，或说二百余岁。因为龙树菩萨是在树下诞生，因此取名“阿周陀那”，阿周陀那即“树”；又因菩萨以龙成道，故号为“龙”：合为“龙树”。按照中国禅宗史籍记载，龙树菩萨是付法藏第十四代祖师，被世人赞誉为“第二释迦”。