佛教念珠有一百八颗、五十四颗、四十二颗或二十一颗数种，分别蕴含一定的佛教意义。念珠的出现或使用都首先基于它的实用性——计数功能。尽管被计数之内容各不相同，但计数的目的却是相同的，即通过拨动念珠颗数，从而获知已经称名持咒或祈祷了几遍，还需要几遍。然而，对于佛教而言，在这简单计数的背后，真正起着支撑作用的乃是其实效性。
关于念珠在佛教中被使用的记述中，《木槵子经》说：“昔有国王名波流梨，白佛言：‘我国边小，频年寇役，谷贵民困，我常不安。法藏深广，不得遍行，唯愿垂示法要。’佛言：‘大王若欲灭烦恼，当贯木槵子一百八个，当自随身，志心称南无佛陀，南无达磨，南无僧枷名，乃过一子。如是渐次，乃至千万，能满二十万遍，身心不乱，除陷曲，舍命得炎摩天，若满百万遍，当除百八结业，获常乐果。’王言：‘我当奉行。”’
《陀罗尼经》又说：“若诵经、念佛、持咒之行者，须一一手持数珠。依阿弥陀佛之教说，复依次一切陀罗尼诸佛菩萨金刚天等法，其数皆满一百八珠，或五十四珠、或四十二、或二十一，亦可即得阿耨多罗三藐三菩提之果。”从中，我们可以获取两点信息。(1)之所以持念珠诵佛计数，是为了消除个人内心的烦恼，“除陷曲”，甚至达到个人的“圆满功德”。(2)诵念的次数与最终得福多少有关，“若满百万遍，当除百八结业，获常乐果。”。
《金刚顶瑜伽念珠》：“二手持珠，当于心上，静虑离念，心当注于本尊瑜伽之心一境，得成就皆理事之法。设安顶髻，或挂身，或安颈上，或安臂，所说之言论皆成念佛。以此念诵净三业。安项髻以净无间，带颈者以净四重，持于手臂之上，能除行人之众罪，速获清洁。” “永断烦恼根，速获无上果”。
当然，也有人认为手持念珠念佛可以制妄念，身心专注。这或许源自修佛者的亲身体验。