富民带着富国出走后，玉堂即派人四处打听，最后找到鼓山。当时刚好受完戒，寺里住僧很多，所以家人来问时知客僧三言两语就唐塞过去了，但家人并不相信。为避免家人找到，富国立即外出云游访道参禅。富民即虚云和尚则马上隐居到寺后深山岩洞，不敢路面，以礼《万佛忏》为修行功课。日日、月月、年年，毫不松懈，如此坚持了整整3年。
直到同治元年(1862)春，寺里派人来告诉虚云和尚说：“泉州的萧老太爷，已经告老还乡，你可不必匿避。方丈和尚说你恒心苦行实为难得，但修慧还须培福，叫你回寺任职，为众作务。”虚云和尚遂同来僧回寺。
虚云和尚住在寺里，初为水头，负责挑全寺僧总的饮用水;继而充当种菜的园头;而后又作斋堂里为大众添加饭菜的行堂;后来又当了安排大众伙食的典座。任何苦差事他都认真负责，从无一声怨言。其间，方丈和尚曾经考虑安排他任管理职位，他都推辞了。寺里发零用钱，他一概不要。每天只吃一钵粥，但体力强健。与此同时他勤习规矩、学礼仪、练唱念，参禅打坐，道业日隆。虚云和尚谦虚好学，不懂之处主动请教。寺里又一位故曰禅师，被公认为苦行第一，虚云和尚经常亲近这位师傅。4年过去，虚云和尚想到自己在修行上还有很多障碍，又想昔日玄奘法师，为到天竺取经，提前10年，先习方言，日行百里，复试绝食，先由一日起增至若干日，以防沙漠绝水草。古人为佛法是这样，难道我们后辈不应效仿?便向方丈辞去职事，把衣服等物全部送人，仅穿一套衣服，一双草鞋，带着一只蒲团，一个方便铲，再次回到寺后深山，住进岩洞里修习苦练。
在岩洞修习苦行，虚云和尚居住岩穴、渴饮山泉，饥则以野菜、青草果腹，与世隔绝，与虎狼为伴，蛇虫相随，每日礼忏参禅不懈，力求尽除烦恼早证菩提。如此一晃又是3年过去了，时间长了衣服都很破烂，但他也不觉得冷;双目炯炯有神，看得特别远特别清楚;他头上束着金刚圈，须发长有一尺多，偶有到深山里采药的人看见他，都误以为是遇到了山精鬼怪，吓得赶快逃跑，他也不与他们说话。头一两年，在参禅时常进入胜境，他不执着，不欢喜，不怖畏，还是一心参禅持诵《观音心咒》以摄心。虚云和尚独处深山密林中，被天席地，心中没有烦恼忧愁恐怖妄想，自在无碍，自认为是达到了四禅天的修行境界。且不知不觉体力日强，耳聪目明，步履如飞，可随便攀登悬崖峭壁如行平地，有时行走到一两丈宽的山涧沟壑，也可一跃而过，自觉奇怪不知其所以然。他又试着搬石头，一顿多重的石头一般就动，要敢粗的大树也可以一掌打断。神了，武功不学而无意间练成，虚云和尚不知其意，心中反倒惘然起来。想想自己出家11年未出过鼓山，坐井观天自学自修，如今尚不知根本。想到善财童子尚参学过53位善知识后才悟入佛道，遂下山向浙江方向走去，访道参禅。
同治九年(1870)虚云和尚云游到温州，在朱龙山的观音洞中修禅时，有一年前禅人来访，顶礼问到：“久闻法师高行，特求开示。”
青年禅人这样一问，虚云和尚想了半天竟然不知如何回答，非常惭愧，乃说：“我学得很少，还望您慈悲指示。”
青年禅人说：“我刚出家3年，没有什么修学，不能教你，只是常常听师父说学佛人不论修学任何宗派法门，先学好经典，再按经典上说的方法去实践，这很重要，所谓‘教、理、行、证’……如果不学经典，不通内学，荒废闻思，于己，或忙修瞎练，或落于暗证起增上慢;于人，开口漏逗，不涉典章。时间一长，无有所得，信心疲劳，道心难保。因为道心之坚固长远要以如理修行、如理体证作保障。欲知理，先明理，这就是内明。世法不通，对于着急的修行暂时也许无大妨碍，但如果要出而为人、随即施化，则应在通达内明的基础上于世法略知一二。这样，佛法、世法融为贯通，才能深入尘劳，照明佛法开悟众生。”又说：“天台山华顶峰龙泉寺的融镜老法师，是天台山第一有道行者，我刚从老法师处参学回来，你可前去请教，必得利益。”
虚云和尚惊叹这位年纪轻轻的禅人，才出家学佛3年，就有如此好的知见，而自己出家11年独自在山里静修时自感有所得，可一出山竟被人家一句话就问住了，将来如何承担如来家业弘法利生?他惭愧万分，深感这位禅人言之有理，意识到了学习经典教理的重要性，便直奔天台山。
当衣服破烂、长发散乱的虚云和尚来到天台山华顶峰龙泉寺时，看门的僧人吓坏了，以为来了山精鬼怪，立即拿起木棍阻拦，不让进门。虚云和尚用嘶哑的声音再三解释着急是在深山隐修多年的僧人，门头师才准入内。入得寺来他见以僧人，便问：“请问融镜老法师在吗?”答：“补衣服的那位就是。”
虚云和尚即上前顶礼，老法师不搭理。虚云和尚又说：“学人特来亲近法师，望祈慈悲教导。”老法师大量了他很久，问：“你是和尚，道士，还是俗人?”
回答说：“和尚。”
问：“受戒了没有?”
答：“已经受过具足戒。”
问：“你这样做多长时间了?”虚云和尚略述经过。
问：“谁教你这么做?”
答：“因见古人每多苦行成道，故此想学。”
问：“你知道古人修身，还知道古人修心吗?你这样子的修法，接近于外道，与佛教根本不相符。即使寿命万年，亦不过如《楞严经》上所说的十种仙人之一，去道尚远。即进一步，证到初果，也之能成为自了的罗汉。我们出家人要发菩萨心，上求证佛道下度化众生，自利利人。‘佛法在世间，不离世间觉。’‘饥来吃饭困来眠。’你饭也不吃，衣又不遮体，未免显奇立异了。你如此苦行，心人牛角尖，怎么能悟入佛的知见呢?”
虚云和尚被老法师痛击一锥，却心意快然，复顶礼法师请进一步开示。法师说：“我教你，你喜欢听就在这里常住下来，不喜欢听，就随你去!”
虚云和尚说：：“我是特意来亲近法师的，一定依教奉行。”法师即送给他衣服，让他剃头洗澡。
融镜老法师时年80多岁，一山德望，是一位精研戒律，禅学和经教俱通的老法师。虚云和尚撰有《融镜老人真赞》云：
华顶山中，这老和尚。
道齐诸祖，行继百丈。
吴越钦尊，一山德望。
独耀天台，千崖花灿。
乾坤间气，法门大匠。
人天眼目，后裔月湛。
飘渺遐风，千古之上。
在融镜老法师的指导下，虚云和尚从此每天随众劳动，学经典理论，学禅修方法，先后学习《法华经》、《金刚经》、《楞严经》、《六祖坛经》等许多经论，并参“拖死尸是谁?”的话头。
经过4年的学习，虚云和尚有了正确的知见，掌握了正确的禅修方法。佛在世时，阿难问佛：“善知识在我们修行中，是否能起到一半的作用?”佛回答说：“错了，不是一半，是全部的作用。”可见在我们修行生活中，能否亲近到一位善知识很重要。如果说当年虚云和尚在鼓山涌泉寺礼堂开老人剃度出家，是他人生的一大转折，那么这次他得融镜法师的点拨，则又是他修行道路上的另一大转折和飞跃，为他日后的开悟，弘法利生打下乐坚实的基础。
光绪年间(1857)四月。融镜老法师见虚云和尚已有了正确的知见，便让他到其他地方继续参学，他这才依依不舍的告别老法师下山，前往雪窦山、普陀山等地继续访道参禅。
光绪三年(1877)，虚云和尚38岁，继续云游访道参禅。一天，从宁波坐船到杭州，当时正是三伏天热夏，虚云和尚到时船上已挤满了人，好在乘客多是从杭州到普陀山进香礼佛后回去的善男信女，大家见有出家人来，都很客气地把行李挪一挪，挤出一块地方给他。
虚云和尚这下倒为难了起来，因为船上的乘客都是拜完佛回去的妇女，无奈，出门在外，将就吧!便坐下参禅观心。
陈旧的帆船行速缓慢，船客们“叽叽喳喳”地说着话，吵闹声不绝于耳。虚云和尚依然静坐参禅。一个时辰过去，两个时辰过去。又一位年轻少妇，无心参与这些无聊的话题。她已经观察虚云和尚很久了，相信这是一位有见地功行的僧人，便跟大伙说：“大家都别说话，佛法难闻，今天又一位法师和我妈同船，这很难得，我们请这位法师给我们讲讲佛法吧!”“好!”大家鼓起掌来。对于僧人来说弘法是家务，利生为事业。虚云和尚当然乐而为之，便端身正坐，莲目低垂，给大家讲起佛法来：“大众!今日人们闻着佛法两字，脑中便起奇特和神秘感，至少亦以为是很深奥难解的一回事。其实诸佛的道法，皆是众生本分上的东西，就是三身四智，五眼六通，亦是众生本来具足，并非从外面跑进来的，亦非诸佛祖师替我们加得微尘许的。大众只须遵守佛陀所教授的三皈五戒，奉行佛所倡导的‘诸恶莫作，诸善奉行’久而久之，恶染渐渐消除，身口意习气渐渐清净，所行所言所思均符合天地法则，自然善有善报。所谓‘自性众生誓愿成’”是也，无人能代……虚云和尚从佛法的基本道理，学佛的好处，降到在家学佛人的修行方法。虚云和尚通俗易懂的宣讲，令船客们饱餐法味，不时暴出真真热烈的掌声。
可是，虚云和尚万万没有想到，邻铺那位富家少妇静静地听着他说，竟然在不知不觉中对他动了芳心。夜里，船客们都睡了。心无杂念的虚云和尚一躺下就安然入睡。邻铺的那位富家少妇，听着那“哗---哗---”的涛声却翻来覆去难以入眠。她翻过身来看着身边熟睡的虚云和尚，淡淡地月光透过船窗，静静地落在虚云和尚慈悲端庄的脸上。她越看越越觉得这和尚很可爱，春心涌动越来越强烈，最后竟禁不住伸出手去抚摸虚云和尚。虚云和尚惊醒，发现那少妇已解开衣扣，用她那丰满的前胸紧紧地贴着他。虚云和尚急坐起，为避免惊醒船客们知道了令自己和她都狼狈，并不做声，自个端身禅坐，细声持诵当年释迦牟尼佛用来解救弟子阿难化斋时被摩登伽女淫诱的《大佛顶首楞严神咒》。那位少妇也就不敢乱来，如此知道天亮，船客们也不知道发生了什么事，谁也不说什么，言谈话语都很自然，好像什么也没有发生过。
虚云和尚十分重视戒律，他认为“七众成佛，戒为精进之基;六度摄心，戒居定慧之首。”对于参透了世间欲乐的虚云和尚，早将这些诱惑视作镜花水月，心境寂然不动。虚云和尚在宁波到杭州船中拒富家少妇色情引诱，可当“梵行已立”4字而无愧。