如果初学者不明白「佛、法、僧」三宝的德行是依据佛所说的什么法义，如何「由浅入深」成就的，就谈不上「自皈依佛」及「自性皈依」的「深入修证意义」。
(一)《阿含经》上所说「自皈依佛」与「自皈依法」的原意
1.自皈依佛
先来了解《阿含经》上所说的自皈依佛的原意是什么﹖《阿含经》上说，很多初学的人在「听佛说法后」，就发出欢喜心，自愿发心皈依佛教，这是自皈依的基本意义;又佛在世时，有些居士是在听佛说法时，顿证初果、二果、三果不等，在证果后，才脱口称佛为师，皈依佛陀，这种由居士身「证果」的佛弟子所称的「皈依佛陀」，就是「自皈依佛」的深意，不只是尊重、恭敬、皈依佛陀的广大德行，并且自己已经亲见「法性」，开发自心内的空性智慧，因此所称「自皈依佛陀」，更含有感恩佛陀令自己自觉、自证、自见一分与佛陀同证真如觉性(亲见自性、本性真心之意)，这就是「自皈依佛」的简单释意。
2.自皈依法
又《长阿含经》中记载，佛在涅槃前的三个月，指示弟子阿难说:「如来不言:我持于众，我摄于众，岂当于众有教令乎?…。」
又说:「当自归依，归依于法，勿他归依。」
意思是说：释迦牟尼佛在世时对所有在家、出家弟子的告诫，佛陀从来不会用自私心、骄傲心、我慢心对一切弟子自称:我现在拥有许多徒众，你们都是我的皈依弟子，你们都是我的出家弟子，我要领导大众，我要教导信众，我要驾驭大众…，所有弟子只能皈依于我的德行，崇拜我的修行，我所证觉的佛法是独一无二的…。佛陀绝对不会用这种权威式、偶像式、个人式的自私自利心态去教化众生。而且佛陀在大乘经典及小乘经典上所自称的「我」的内涵，绝对不同于凡夫俗子自称的庸庸碌碌的「我」…。
就因为佛陀不会有「我在领导僧团」、「我在为众生说法」等「世俗心态」、「世俗见地」的「我思我见在」，所以佛陀才会告诫阿难说:「如来从不言，我持于众，我摄于众，岂当于众有教令乎…。」
因此才会在涅槃前三个月对阿难说:「当自归依，归依于法，勿他归依。」意思是说，所有佛弟子们，无论在家弟子皈依佛陀，或者出家弟子随佛学习，皆不可以对释迦牟尼佛个人形成偶像式的崇拜(勿他归依之意)，而是要将「皈依佛陀」的信念移转到佛所说「了脱生死法义上的内涵」来认识、来修学(勿他归依之意)。这是对声闻弟子们的告诫。
(二)《涅槃经》上所说的自性皈依
什么是自性皈依?这是大乘佛经中的《涅槃经》上有提到自性皈依，自性三宝的意义。
1.自性皈依
什么是自性皈依?如果初学的人在最初皈依佛后，经过无量世的修学佛法，已经能够在戒、定、慧的启发下，证悟内心光明的觉性，见到自己内心本来具备的灵明觉照的「清净本性」。无论生在恶国(非洲、边疆、共产国家)、遇到恶知识，遇到恶时、恶世(不好的时机，如现在五浊恶世)，听到邪恶的法(出生在没有佛法、邪说盛行的时代)，都能够保持这颗灵敏的觉性而不丧失，这就叫做自性皈依。如何证明他已经证得这种功夫呢?也就是证清净本心?至少获证声闻三果，才能做到多分自性皈依、自皈依佛，无论发愿在任何十方世界回小回大，乘愿度众生，出生在那一个国度……，皆能保持这颗内心光明的觉性。
2.自皈依法
什么是自皈依法?学佛的人要做到依戒、定、慧的力量体证到缘起性空的真理，证到空性，才能真正做到自皈依法。
3.自皈依僧
什么是自皈依僧?学佛的人，在闻法修行的过程中，从内心产生禅悦法喜的定境中，能够生起平等、清净的心和大家和乐相处，用平等心去恭敬、学习一切僧宝的德行，具备圣众僧的德行，又能够用平等心自利、利他的去随缘度化众生──这才叫做自皈依僧。
以上所说自性皈依三宝的意义，这些都要经过无量世，乃至无量劫的修学福慧，才能真正做到自性皈依。不是现在末法中的「初入佛门」的皈依弟子能够做到的。不仅「初学之人」做不到「自性皈依」，就是自称「久学之人」也做不到实证的「自性皈依」!所以说某些人在佛前「自誓皈依」──自性皈依而不遵佛遗教，办理皈依仪式是有疑问的?!