马祖道一的禅法具有独特的内涵，其逻辑推演与理论阐释，层层递进。针对修行者而言，有三个层面：一、“即心即佛”是思想基础，确立自信自立;二、“非心非佛”是解脱关键，破除妄念偏执;三、“平常心是道”是根本目的，坚持应世利人。“平常心”是马祖道一禅法的突出特点和根本旨趣，它排除了善恶、染净等二元对立的区别性，主张在平平常常的生活中体现心性、张扬真理。它继承并发展了慧能等祖师们的禅法思想，也深受《华严经》“事事无碍法界”等义理的影响。“平常心”所体现出的平民化、世俗化、生活化、简易化等品质，促进了中国禅宗追求大乘入世精神的信仰价值趋向。
即心即佛：心性一如，佛性平等，自信自立，这是修行者的思想基础。
作为一个人，作为一个佛教信仰者，首先要有坚定的信念、信心，具备人格自立的思想基础。这就是马祖道一首先要讲“即心即佛”的出发点。在《语录》中，马祖道一告诉弟子们：
汝等诸人各信自心是佛，此心即是佛。达磨大师从南天竺来至中华，传上乘一心之法，令汝等开悟。又引《楞伽经》，以印众生心地，恐汝颠倒不信，此一心之法各各有之。故《楞伽经》以佛语心为宗，无门为法门。夫求法者，应无所求，心外无别佛，佛外无别心。不取善不舍恶，净秽两边俱不依怙，达罪性空念念不可得，无自性故。故三界唯心，森罗及万象，一法之所印。凡所见色，皆是见心，心不自心，因色故有。汝但随时言说，即事即理，都无所碍。菩提道果，亦复如是。于心所生，即名为色，知色空故，生即不生。若了此意，乃可随时著衣吃饭，长养圣胎，任运过时，更有何事。汝受吾教，听吾偈曰：“心地随时说，菩提俱亦宁。事理俱无碍，当生即不生。”
在这段话里，马祖首先肯定即心即佛，然后指出它是达磨所传的上乘之法，又引《楞伽经》为证。其论证的推理过程是：因为诸法性空无自性，求法者应无所求;三界唯心，心性平等;所以众生心地佛性具足，即事即理，任运无碍。从而要求求法者，不要颠倒不要外求，“著衣吃饭，长养圣胎”，思想上达到自信自立。
马祖的这种观点不是自己的发明创造，他直接继承发挥了禅宗祖师们的理论。初祖达磨大师在《二入四行论》里所讲“深信含生凡圣，同一真性”为“理入”，与马祖的“一心”是一样的意义。二祖慧可也说过“是心是佛，是心是法”。四祖道信曾经引《无量寿佛经》中“诸佛法身入一切众生心想，是心是佛”，提出：“当知佛即是心，心外无别佛”。五祖弘忍依据《金刚经》，更是发挥“即心即佛”的思想。到六祖慧能，更加直接，明确众生心就是佛心。《坛经》中说：“吾今教汝，识自心众生，见自心是佛。……汝等诸人，自心是佛，更莫狐疑，外无一物而能建立，皆是本心生万种法。……菩提只向心说，何劳向外求玄?”当然，道一更直接地继承了怀让禅师的思想衣钵。在马祖问道时，怀让在运用了“磨砖”、“打车”等比喻后，总结出一首偈语：“心地含诸种，遇泽悉皆萌。三昧华无相，何坏复何成。”这里的“心地”被马祖直接引用，与《坛经》中“心是地，性是王……性含万物为大，自性含万法，名为含藏识”的意味是一致的。
关于马祖所谓“一心”的含义，一般认为它所表达的是人的清净自性即佛性，人一旦悟到并归依自己的清净本性，也就与佛性没有什么差别了，从佛性或心性上讲，人与一切事物没有根本的差别，心、佛、众生三无差别。这是大乘佛教的根本教义。当然，祖师们为了应机说法，在不同的时间、地点，对不同的人物、事情，用不同的概念、词语来表达，就出现了不同解释。但大致是指众生思维的功能和思维的活动(心识)、大乘佛教所说的精神性本源和本体(真如、实相、法性、佛性等)、佛教最高的人格化理念(法身)等。不过，马祖所讲的首先立足于佛性本源上，然后讲众生的心识功能。前者重在“理”，强调本性的认同和平等;后者重在“事”，强调事相的转化和意义。对修行者来讲，只有从根本上体会了凡圣的无差别性和可转化性，才可能坚定信念、培育精神。如果用《华严经》的“法界缘起”等概念，那么，马祖的一心是可以用“如来藏自性清净心”来形容的。马祖的《语录》里不断地阐释“即事即理”、“理事无碍”的思想，主要是根据《华严经》思想。《华严经》用“一真法界”来概括法界圆融的思想，它融摄一切万法是一切现象的本体是一切万有的“本源真心”。它清净平等，随缘不变，不变随缘，而展现宇宙万物。华严宗祖师法藏根据《华严经•十地品》的“三界虚妄，但是一心作”，把一真法界视为“真心”、“如来藏”，认为一切众生都具有佛性，是成佛的根源，也是形成万物的原因。之后，澄观、宗密等人也强调一心是万物的本原，是众生原本具有的觉悟之心，具备智慧和功德的灵知之心。宗密在《原人论》里讲：“一切有情(众生)皆有本觉真心，无始以来常住清净，昭昭不昧，了了常知，亦名佛性，亦名如来藏。……但以妄想执著而不证得，若离妄想，一切智、自然智、无碍智即得现前。”法界缘起的一切现象在如来藏自性清净心的共同作用下，互为因果，相资相生，彼中有此，此中有彼，彼即是此，此即是彼。相即相入，圆融无碍。也就是一即一切，一切即一，重重无尽【参方立天：《佛教哲学》，中国人民大学出版社，1997年，256～269页。】。
马祖的“即心即佛”说，显然是融合了佛教华严、唯识等理论，继承了禅宗祖师们的思想，而且简要直捷。这简约化的命题，却涉及到了佛教思想中最为重要的三个彼此相关的问题：一是佛性问题即人的自性究竟如何;二是成佛途径问题即修行方式究竟如何;三是佛陀境界问题即真正解脱的境界究竟如何。它首先设定人的心灵本来就是清净无垢的，人的自性与佛性没有差别，如慧能所说“佛是自性，莫向身外求”;其次，当人领悟到自心是佛而回归自己的本性，就脱胎换骨似地进入超越和解脱的境界，即如慧能所说“一刹那间妄念俱灭，若视自性，一悟即至佛地”;再次，人们一旦觉悟，回归自心，心中便是一片澄澈空明，水月朗照，纤尘不生，体验与感受宇宙和生命的真实境界，即如慧能所说“内外明澈，不异西方”。这就与传统佛教禅宗渐悟之法不同。正因为“即心即佛”简约而直接地表达了南禅顿悟之说在佛性论、修行论、境界论三个方面的独特思想，所以它成为中国禅宗南禅的著名命题。