一.佛说本经之因缘(原译卷一)
叙述阿难尊者在托钵时，被外道摩登伽妇的女儿钵吉蹄，使用梵天咒术所迷惑，几乎毁去戒体慧命。後由佛陀持诵《楞严咒》，并遣文殊菩萨持此咒前往救护阿难，接着提挈他们共至佛所。这时阿难顶礼悲泣，悔恨一向只求多闻，不肯实修，几至丧失戒体。
因此祈求佛陀开示十方如来，所以得证佛果，成就妙奢摩他、三摩提、禅那的菩提大定，最初下手的方便法门。佛陀应他之请，就说出三昧之王--大佛顶首楞严王。这楞严大定，具足六度万行，是十方如来超越生死苦海，通达涅盘彼岸的无上法门。
二.徵心辨妄(原译卷一)
佛问阿难为何出家修行?阿难答以看见如来相好而渴仰，因此出家修道。佛陀说一切众生，从无始以来，生死相续，病源也就在这厌染求净的一念，都是不知自己本有一常住不变，清净圆满的真心(即如来藏心)，而错认意识妄想心(第六意识)，为自己真正的体性。
佛续之又问能知相好者，到底为何物?阿难答以因「眼」见，「心」生爱乐。佛追问心和眼的所在，因心、眼的作祟，使我们轮转六道。若不知心、眼的所在，就无法征服污染和扰乱本性的尘劳。後阿难所答：此心在身内、在身外、在眼根、在明暗之间、在随合随有处、在中间、在无着处，都被佛一一辨证，加以否定!这时阿难哀求佛陀指出心的所在，佛陀开示说一切众生，迷失了真实的本心，是由於不知迷悟二种根本：(一)认定攀缘心(第六意识)为自己的真实本性，这正是生死的根本。(二)无始以来，菩提自性，本自清净(即第八微细精想根性)，由於不守自性，致随缘而起妄想，众生误认攀缘心为自己的心性，对真如本性，反弃而不顾，不知这正是证菩提涅槃的根本所在。
随後佛陀举拳再寻问阿难，到底以何为心，知这是拳?阿难即答，能仔细推究寻逐的就是心。佛陀开示说，此心是对当前六尘的虚妄相状，所生起之分别妄想心，乃是尘影，随尘生灭。阿难认为离了这能分别觉知的攀缘心，岂不成了没有心的人?这时佛开示说宇宙森罗万象，皆是真心随缘变现的幻象，并无实体。又说对当前六尘境相，另有能分别的自性，就是真心了。若这能分别的自性，离尘就消失，即非真心。
三.论见显真(原译卷一、二)
接着佛陀用种种巧妙和逻辑性的譬喻，从眼根中指出本自圆满妙明，常自寂照的真心(如来藏心)，所谓「十番显见」是也!即显见是心，显见不动、显见不灭、显见不失、显见无还、显见不杂、显见无碍、显见不分、显见超情和显见离见。末後论及前见精所带二种颠倒「见妄」，即别业妄见和同分妄见。
四.万象皆由真心影现(原译卷二、三)
真心不但近具根中，实则远该万法，量周法界，故佛陀又详细的指出四科，即五阴(色、受、想、行和识)、六入(即六根)、十二处(六根和六尘)和十八界(六根、六尘和六识)，所谓生理、心理、物理和宇宙天地等，都是虚妄不实，本来就是非因缘，也非自然的如来藏妙真如性，随缘显现而已。【全相即性】
五.揭示真心的实相(原译卷三)
因阿难执昔日所闻「因缘权教」，认为世间诸相，是四大(地、水、火、风)因缘和合而有;故闻佛於四科法中，一一皆云「本非因缘、非自然性」，所以责问如来，何以违背以前之因缘宗?因此佛再为阿难说明七大(地、水、火、风、空、见和识)本非有和合之相(破因缘)，也非无因自然而有(破自然);其性即如来藏，圆满周遍，本不动摇，从本以来寂然常住，不生不灭。又说如来藏性中，无法不备，无法不融;即色即空、即火即真等，原自清净本然，周遍法界!【融相入性，全性即相】如来藏以不变之体，随九法界众生根性(心)的优劣，知量的大小，幻现随缘之妙用。因随九界众生染、净二业，所发现之七大，各有不同;故於平等性中，有了差别的相状。世间无知的凡夫，致惑於因缘、自然等戏论，这都是识心分别妄计的产物，徒有言说，并无真实的意义。这如来藏妙真如性如镜，世间万象如镜中影，无镜就无影，众生迷影而忘镜，不知影虽虚幻，而镜为实有，相虽妄现，而性实不虚。此时，楞严会上的大众，各皆自知，心遍十方，原自常住不灭，不再受四大假合的身体，以及六根所局限，而阿难感动的赞谢佛陀，发起乘愿再来的大愿。
六.剖析世界成因与人生真谛(原译卷四)
富楼那尊者请示佛陀：五阴、六根、六尘、十二处、十八界等既然都是如来藏妙真如性，本然清净，为何忽然产生山河大地、有情的众生及业果等三种生续?而且次第迁流，循环不息?并请教地、水、火、风、空等五大圆融，周遍法界，互不陵灭之理。佛陀先为说不空藏，以示万法生续之因(因一念无明，产生三细六粗)。後说空不空藏，以示五大圆融之原故，并会归三种藏性--空、不空、空不空如来藏，不离一心，无非「根性」之极量!
最後佛依「迷悟心」对辨二种缘起--依染缘起执成有碍和依净缘起融成无碍;又依「本来心」圆彰三种藏性，也就是会归三种藏性--空、不空、空不空如来藏，不离本来一心，无非「根性」之极量!佛显理至此处，可说彻法流之底，穷性海之源，显到极处了!然而此一心三藏，即首楞严定(一切事究竟坚固)，为自性天然本定，不假修成，人人本具，然众生迷而不觉;故应当起奢摩他，微密观照，方能圆悟。间中富楼那问诸佛如来，何时再起其妄(无明)，以产生三种生续之万法?佛示以无明本空和万法现今即无，这二者乃本自不生，并非成佛後方灭。又示菩提智德和涅盘断德，本来无变，非成佛始生。
富楼那又疑一切众生，何因有妄(无明)，自蔽三如来藏之真心?佛举喻城中的演若达多，迷头而狂奔，以说明迷本无因的道理;并指出只要众生放下对三种生续的分别执着心，就是摄心亡尘的功夫。这三种能「缘」之心既断，而能生三种相续的「因」自绝，所谓「狂性自歇，歇即菩提，胜净明心，本周法界，不从人得」!前阿难既闻佛久排因缘，而今佛对富楼那又语中带因缘，因此疑佛自语相违。佛示以知真本有，达妄本空，则因缘和自然，俱为戏论。
七.舍妄趣真的先决条件(原译卷四)
这里阿难请示佛陀根本发心之路，佛陀谈论到初发心二种先决条件：(一)以不生不灭的体性为「因」地心，转虚妄生灭的五种浑浊(劫浊、见浊、烦恼浊、众生浊和命浊)，方可求证不生不灭的真谛佛「果」。(二)从「根中」解结，因六根乃烦恼的根本所在，舍生受生，自作自受。并说明六根的优劣和六根的黏缚(例如明和暗引发妄见，动和静引发妄闻等等)，又说六根原可相互为用，因被尘所黏结，才成滞碍，必须选择一根，依之而修，摆脱所黏的妄尘，其馀五黏应时销落(因根虽有六，体本是一)，还归本觉妙明的真心。到此境地，不但六根即可相互为用，而内则晶莹发光，心光遍照，洞彻表里;宇宙之山河大地，皆随心光之所熔化，如热汤销冰，应念化成无上的正知正觉。阿难听佛说离尘就无根结的体质，却误作了离开尘境，完全没有性体(根性)，因此佛命罗[目侯]罗尊者当场击钟，以示闻性周遍法界，不随声尘之有无而忽生忽灭。
八.解脱的程序(原译卷五)
阿难启请佛陀「结」之所在，从何处下手去解?佛陀阐明轮回六道生死的症结是六根，解除缚结，证安乐妙常的也是六根，并非他物。因为「根」、「尘」同源，本是一体，所以缚则同缚，脱则同脱，缚脱也不二，故说根的时候，而尘自在其中。复不举「识」，是因识性无源，只是对前尘的虚妄相想，如空花水月，并非缚结和解脱的关踺。随後佛陀亲自说偈以总结前之「二种先决条件」。
後佛陀用一条华巾就地打结，次第成为「六结」，接着从後顺序解开，以说明六解一亡的道理。喻如来藏随染缘，妄成六结(六根各有六结)，此六结为五阴郁结而成，由细至粗依次为识阴(第一结)、行阴(第二结)、想阴(第三结)、受阴(第四结)、色阴(第五和第六结)。若欲解六根之结，必依任何一根而修，一根之结解除，其馀五根之结也随着而解(六根本是一体，同一成坏，结则同结，解则齐解)。解开的顺序则由粗至细：先断第六、第五和第四结而证人空;再断第三结、第二结而证法空;最後再断第一结而证无生法忍(圆教初住)俱空不生，一超直至等觉，中间更不历十住、十行等诸位;由是直入如来妙庄严海，圆满菩提圣道。须知六根没有缚结以前，原是一体，缚结以後，各有界限分隔，所以眼不能闻，耳不能见。根根中之六结，若总解除，真如本性自然显现，六根即可相互为用。
九.二十五位圣者的证道报告(原译卷五、六)
佛陀使会中二十五位圣者(代表十八界和七大圆通法门)，各自宣说最初的证果经验。最後，由观世音菩萨自陈由耳根的「闻性」--如幻闻熏闻修金刚三昧，下手起修，修证了悟的过程。文中详述大士如何获得二种殊胜功德、三十二种应化身入诸国土，普渡众生。又叙述大士如何获十四种无畏功德，及四种不思议无作无为之妙德，以闻声救苦，加被众生，有求必应。随後佛敕文殊菩萨，选择最为对机和容易成就之门。文殊详评二十五种修行方便中，以观世音菩萨的耳根圆通，为娑婆世界最为适当无比的修持法门。
十.摄心修定的清净明诲(原译卷六、七)
阿难请示佛陀摄心修定的方法，及末法时如何建立道场，以避免妖魔鬼怪的干扰。佛陀论及修行「三决定义」，即摄心为戒，因戒生定，因定发慧等三无漏学;并强调严守四种清净明确之教诲，即断除身心之淫、杀、偷盗和大妄语，以便解脱尘劳，超脱生死轮回。佛陀又咐嘱大家持诵〈楞严神咒〉，以袪除一切魔障及习气业种，并述及建立楞严坛场的轨则。接着佛陀应阿难的要求，说出<楞严神咒>，并赞叹神咒的种种无比殊胜功德!大意谓：十方佛陀之成道、降魔、度众等，都是由此神咒;驱除邪怪，消灭灾毒、不生下贱、常住佛处，都由持诵此咒;乃至求长寿、求智慧、求国泰民安、求风调雨顺等等，无一不能实现。
十一.修证圣位的次第(原译卷七、八)
阿难请问修行位次，佛先说明因最初一念无明妄动，产生三细六粗，才妄生世界、众生，二种颠倒，乃至十二类生。并论及十二类众生：即卵生、胎生、湿生、化生、有色、无色、有想、无想，以及非有色、非无色、非有想、非无想，依惑造业，依业受报之详情。这十二类众生，一一类中，各各具十二种颠倒，犹如捏目，乱华发生，皆是由颠倒妙圆真净明心，就具足如斯，虚妄乱想。因此欲修佛果三摩地(正定)，非要从这颠倒的根本原因(指最初一念妄动)下手不可;共分「三种渐次」，即除助恶因缘(断吃五辛菜)、挖空罪业之正性(不淫、不杀、不盗和不妄)和违逆现前的业行(耳根不出流闻尘，而入流照性)。随後佛陀开示菩萨的阶次，从十信、十住、十行、十回向、四加行、十地及等觉五十五个阶段，方可到达究竟「妙觉」，成就佛果。最後文殊菩萨请示了《楞严经》的经名。
十二.众生升沉轮替的因缘(原译卷八、九)
此处阿难请示佛陀，佛体既真实，云何复有七趣之虚妄?真如体中，本来就有七趣?还是由众生的妄想习气所生?地狱是否有固定的处所，即各别造业，同到一处受报(别业同报)?还是别业别报?佛陀都一一为他解答。佛陀并详述七趣(地狱、饿鬼、畜生、人、仙、天和阿修罗)之升沉，不出情和想二因所招感;由十种业习为因，即淫欲、贪爱、我慢、嗔恚、奸诈、欺诳、怨恨、恶见、枉屈和诤讼等习，致使六根交互受报。末後论及七趣和三界(欲界、色界和无色界)二十八天随业受报之详情;归根究底，众生轮回的根本，是因不识本有妙明真心，随顺杀、盗和淫的缘故。
十三.邪与正的辨识(五十重阴魔)(原译卷九、十)
佛陀知道欲修禅定，一切天魔鬼神，魑魅妖精，必定会来干扰行人，附着於行人的身心，令误入歧途，或途中发狂，或走火入魔，或显魔通、鬼通惑乱行人;而且让行人口说似是而非的经法，以邪知邪见造种种恶业，毁戒谤法，拨无因果，无所不为;现世受到严酷的恶报，死堕无间地狱。甚至有人把着魔者当作是圣者看待，以自己的资财，身命全力供养，这都是认贼为子，自堕火坑，损法财、伤慧命，何等危险!因此佛陀无问自说的，讲出十方三世诸佛依之方成正觉的五阴辨魔法门--禅定中的微细魔境，以便魔境现前时，能得辨认，免致堕落魔网。
佛在经中将修习三摩地，因受五阴妄想(即坚固、虚明、融通、幽隐和虚无)所障，而产生的「邪见」或「狂解」，称之为魔;因「魔」作祟，修行者得不到正受、正知和圣解，从而堕入外道或者无间地狱。佛陀又说只有将五阴中的妄想销尽，六根互用无碍，清净如净琉璃，修行者才能超越五十五位菩萨修行位，而入如来妙庄严海。後佛陀告阿难：「为害好像是外魔，着魔实由心起，但要心中不生胜解，则心垢洗除;主人不迷，则彼魔事，无奈你何，自不会堕落邪见网中。」
十四.消除五阴妄想法要(原译卷十)
阿难请示佛陀何以「五阴」皆以妄想为根本?欲想破除五阴是一次同时顿除呢?还是要渐次灭尽?破除这五种阴境，须以何处为何阴的界限?佛陀都一一为他解答。这是佛对破除五阴诸魔，以回归如来藏心等相关问题的概要回答;也对全经所阐述的思想，作为一个总结。
十五.流通分(原译卷十)
最後，佛陀特别咐嘱修行人宏扬和诵持《楞严经》及〈楞严咒〉，如能依教奉行，将能直趣菩提圣果，永无魔事!并说明弘扬者，虽犯四种根本重罪(杀、盗、淫和妄)及犯大乘十恶重罪，也因宏扬此法门的缘故，所有深重罪障都能消灭，所得的福报，远超於用遍满十方所有虚空的七宝，供养微尘数的诸佛如来，千万亿倍!