——依弘一大师所述程序增补
一、皈敬祈请
南无十方三世一切诸佛。南无十方三世一切正法。南无十方三世一切圣僧。
南无本师释迦牟尼佛。
南无善名称吉祥王如来。南无宝月智严光音自在王如来。
南无金色宝光妙行成就如来。南无无忧最胜吉祥如来。
南无法海雷音如来。南无法海胜慧游戏神通如来。
南无药师琉璃光如来。南无日光遍照菩萨。南无月光遍照菩萨。
南无文殊师利菩萨。南无观世音菩萨。南无得大势菩萨。南无无尽意菩萨。
南无宝坛华菩萨。南无药王菩萨。南无药上菩萨。南无弥勒菩萨。
奉请宫毘罗大将。奉请伐折罗大将。奉请迷企罗大将。奉请安底罗大将。
奉请頞你罗大将。奉请珊底罗大将。奉请因达罗大将。奉请波夷罗大将。
奉请摩虎罗大将。奉请真达罗大将。奉请招杜罗大将。奉请毘羯罗大将。
一一各有七千药叉以为眷属。降临坛场。卫护行者。解脱一切苦难。诸有愿求。悉令满足。
（十方三宝一拜，或分礼佛法僧三拜。本师释迦牟尼佛一拜。药师琉璃光如来三拜。此外若欲多拜，或兼礼敬其他佛菩萨者，随己意增加。礼敬之时，须至诚恭敬，缓缓拜起，万不可匆忙。宁可少拜。不可草率。）
二、称赞如来（礼敬既毕，于佛前长跪合掌，唱赞偈云：）
归命满月界。净妙琉璃尊。法药救人天。因中十二愿
慈悲弘誓广。愿度诸含生。我今申赞扬。志心头面礼
（赞偈出《药师如来消灾除难念诵仪轨》。唱赞之时，声宜迟缓，宜庄重。）
三、广修供养（赞叹既毕，于佛前长脆合掌，唱供养偈云：）
愿此香花云。遍满十方界。一一诸佛土。无量香庄严。具足菩萨道。成就如来香
（供养毕，或随己意增诵忏悔文，或可略之。）
四、忏悔业障
往昔所造诸恶业。皆由无始贪瞋痴。 从身语意之所生。一切我今皆忏悔
五、本愿功德（按：随个人时间允许，可择广中略三种修法。广法可念药师全经、中法念十二大愿文、略法只称念经题）
（经题）南无药师琉璃光如来本愿功德十二神将饶益有情结愿神咒拔除一切业障经
佛告曼殊室利：「东方去此过十殑伽沙等佛土，有世界名净琉璃，佛号药师琉璃光如来、应、正等觉、明行圆满、善逝、世间解、无上丈夫、调御士、天人师、佛、薄伽梵。曼殊室利！彼佛世尊药师琉璃光如来，本行菩萨道时，发十二大愿，令诸有情，所求皆得。
「第一大愿：愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明，炽然照曜无量无数无边世界，以三十二大丈夫相、八十随好，庄严其身；令一切有情，如我无异。」
「第二大愿：愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月；幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业。」
「第三大愿：愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情，皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少。」
「第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行声闻独觉乘者，皆以大乘而安立之。」
「第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒。设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣。」
「第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋、顽愚、盲、聋、瘖、哑、挛、躄、背偻、白癞、癫狂、种种病苦；闻我名已，一切皆得端正黠慧。诸根完具，无诸疾苦。」
「第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦，我之名号，一经其耳，病悉得除，身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提。」
「第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身；闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提。」
「第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情，出魔罥网，解脱一切外道缠缚；若堕种种恶见稠林，皆当引摄置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提。」
「第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所录，缧缚鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎迫，身心受苦；若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦。」
「第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故造诸恶业；得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食，饱足其身；后以法味，毕竟安乐而建立之。
「第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼；若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘涂香，鼓乐众伎，随心所翫，皆令满足。」
「曼殊室利！是为彼世尊药师琉璃光如来、应、正等觉，行菩萨道时，所发十二微妙上愿。」
（字音不可讹误，宜详考之。诵经时，或跪或立或坐或经行皆可。）
六、一行三昧
前行：
般若波罗蜜多心经（若善男子善女人。欲入一行三昧。当先闻般若波罗蜜如说修学。然后能入一行三昧。如法界缘。不退不坏。不思议无碍无相。）
观自在菩萨，行深般若波罗蜜多时，照见五蕴皆空，度一切苦厄。舍利子，色不异空，空不异色，色即是空，空即是色，受想行识亦复如是。舍利子是诸法空相，不生不灭，不垢不净，不增不减，是故空中无色，无受想行识，无眼耳鼻舌身意，无色身香味触法，无眼界，乃至无意识界，无无明，亦无无明尽，乃至无老死，亦无老死尽，无苦集灭道，无智亦无得，以无所得故，菩提萨埵。依般若波罗蜜多故，心无罣碍，无罣碍故，无有恐怖，远离颠倒梦想，究竟涅盘。三世诸佛，依般若波罗蜜多故，得阿耨多罗三藐三菩提，故知般若波罗蜜多是大神咒，是大明咒，是无上咒，是无等等咒，能除一切苦，真实不虚，故说般若波罗多咒，即说咒曰：「揭谛，揭谛，波罗揭谛，波罗僧揭谛，菩提萨婆诃。」（三遍，最后一遍念般若心咒21遍）
（先唱赞偈云：）
正行：
药师如来琉璃光。焰网庄严无等伦。 无边行愿利有情。各遂所求皆不退
（续云）「南无东方净琉璃世界药师琉璃光如来。」
（以后即持念）「南无药师琉璃光如来（或南无药师琉璃光佛）」（名号108遍。若欲多念者，随意。）
七、光明灌顶
药师琉璃光如来得菩提时。由本愿力观诸有情。
遇众病苦。瘦疟干消。黄热等病。或被厌魅。蛊道所中。
或复短命。或时横死。欲令是等。病苦消除。所求愿满。
时彼世尊。入三摩地。名曰：灭除一切众生苦恼。
既入定已。于肉髻中出大光明。光中演说大陀罗尼咒曰
南谟薄伽伐帝 鞞杀社窭噜 薜琉璃钵喇婆 曷啰阇也 呾他揭多也
阿啰喝帝 三藐三勃陀也 呾侄他
唵 鞞杀逝鞞杀逝 鞞杀社三没揭帝 莎诃（3或7或21或108遍）
尔时光中。说此咒已。大地震动。放大光明。
一切众生。病苦皆除。受安隐乐。
（加持物品时念）弟子○○○至诚祈求大慈大悲药师琉璃光如来及药师海会诸大圣众，不违本誓，怜悯有情，加持此药 (或食物或纯水或病人◎◎◎)令◎◎◎及法界一切有情众生，病苦消除，身心健康，寿命延长。
（若见男子女人有病苦者。应当一心为彼病人清净澡漱或食或药或无虫水咒一百八遍与彼服食。所有病苦悉皆消灭。）（若有受持此真言。能拔身中过去生死一切重罪。不复经历三途。免离九横超越众苦。十方世界随处安乐。自在无碍法应如是。）
（或据经中译音持念，或别依师学梵文原音持念，皆可。或念全咒一百八遍。或先念全咒七遍，继念心咒一百八遍，后复念全咒七遍。心咒者，即是咒中『唵』字以下之文。未经密宗阿阇黎传授，不可结手印。擅结者，有大罪。持咒时，不宜大声，惟令自己耳中得闻。持咒时，以坐为正式，或经行亦可。）
佛光注照○○○（称自己名或他人名）本命元辰，灾星退度福星临，九耀保长生。运限和平，福寿永康宁。
解结解结解冤结，解了多生冤和业，洗心涤虑发虔诚，今对佛前求解结。
药师佛药师佛、消灾延寿药师佛、随心满愿药师佛。（按：此句「消灾延寿药师佛」可依个人所求不同变化，如求智慧即念「开我智慧药师佛」））
我今持诵药师佛，即发菩提广大愿。愿我定慧速圆明，愿我功德皆成就。
愿我胜福遍庄严，愿共众生成佛道。我昔所造诸恶业，皆由无始贪嗔痴。
从身语意之所生，一切我今皆忏悔。愿我临欲命终时，尽除一切诸障碍。
面见药师琉璃光，即得往生琉璃剎。（或自己所愿生之净土，如：「面见彼佛阿弥陀，即得往生安乐剎。」）
虔诚谨奉药师佛力，回向一切法界众生。
业障破除劫运消灭，顺心如意安乐富裕。
风调雨顺国泰民安，了生脱死离苦得乐。
超凡入圣往生净土，直登莲台永不退转。
圆成无上正等妙觉，悠游十方教化九界。
自在显化恒无疲厌，毕满速证药师誓愿。
愿以此功德，供养药师佛，上报四重恩，下济六道苦。
法界诸众生，悉发菩提心，尽此一报身，同生琉璃国。（或自己所愿生之净土）
˙愿药师法兴盛回向文：
法缘转增盛，如日耀中天，一切众生闻，佛愿广加被，
业障悉消灭，福慧皆圆满，往生佛净土，速得正等觉。
（以上可任择一或两种回向发愿，或念自己习惯之回向，但皆须念「愿药师法兴盛回向文」以总结。）
（回向与发愿大同，故今并举。其稍异者，回向须先修功德，再以此功德回向，惟愿如何云云。若先未修功德者，仅可云发愿也。回向发愿，为修持者最切要之事。若不回向，则前所修之功德，无所归趣。今修持药师如来法门者，回向之愿，各随己意。凡《药师经》中所载者，皆可发之，应详阅经文，自适其宜可耳。
以上所述之修持课仪，每日行一次或二次三次。必须至心诚恳，未可潦草塞责。印光老法师云：「有一分恭敬，得一分利益，有十分恭敬，得十分利益」。吾人修持药师如来法门者，应深味斯言，以自求多福也。）
--------------------------------------------
附注：以上括号内为说明文字皆无须念。
建议行者在回向之前最好诵念下段句子：一心祈请法身观世音菩萨（或一心祈请南无法身○○○佛菩萨作主(三称)，可迎请您所信仰的佛菩萨），作主，愿将今日所修(包括任何圣号经咒及所做......等)功德回向给......。
一般性回向范例：
一心启请法身观世音菩萨（或所祈求的佛菩萨）作主：
愿以此功德 供养三宝尊 上报四重恩 下济六道苦
法界诸众生 悉发菩提心 尽此一报身 同生极乐国
再以此功德回向弟子身体健康、病体速愈、业障消除、福慧增长、解冤释结、常住安乐、吉祥圆满。（综合型回向(供养三宝+回向法界+求生极乐净土)→个人愿求）
专供解冤释结型回向范例：
「因果生生报不停，恶缘孽债两相寻，从今解脱千年结，善道频开福德门。无上解冤结菩萨摩诃萨。」（三遍）
以下择其中一种回向：
【无指定的冤亲债主（泛指无形的业障）的回向】：
一心祈请南无大慈大悲阿弥陀佛（或所祈求的佛菩萨）、南无无上解冤结菩萨慈悲作主。（三称三拜），弟子○○○今日愿与我的冤亲债主、无形业障忏悔往昔所造诸恶业，并将此修法功德回向超度我的冤亲债主、无形业障，愿仰仗佛力的加持，化解祂们心中的怨恨、身心的痛苦，并帮助祂们离苦得乐，破迷开悟、往生净土。（此回向解冤释结的效果最大）
【无指定的冤亲债主（泛指无形的业障）的回向】：
「一心祈求大悲观世音菩萨（或所祈求的佛菩萨）作主：愿以此功德回向超度弟子的冤亲债主、无形业障，解冤释结，转恶缘为善缘，离苦得乐、往生净土。」
【特别针对造成某一部份业力（如病苦、情苦或人生种种苦难等）的冤亲债主回向】：
「一心祈求大悲观世音菩萨（或所祈求的佛菩萨）作主：愿以此功德回向超度造成弟子（病苦、情苦或人生种种苦难等）的冤亲债主、无形业障，解冤释结，转恶缘为善缘，离苦得乐、往生净土。」
【针对现世的冤亲债主（如家人、同事等不合之对象）的回向】：
「一心祈求大悲观世音菩萨（或所祈求的佛菩萨）作主：愿以此功德二分之一回向弟子与OOO解冤释结，转恶缘为善缘，二分之一回向超度我所背负的冤亲债主、无形业障解冤释结、离苦得乐、往生净土。」
【个人祈愿】：
1.若求身体健康：再以此功德回向xxx身体健康、业障消除，息除一切身心诸患、所求一切世出世间善愿皆能速疾圆成。
2.若求度亡：再以此功德回向xxx(往生者)蒙佛接引、业障消除、善业增长，随愿往生佛国净土。
3.若求消业增福：再以此功德回向xxx蒙佛加持、业障消除、福慧增长、常遇善友、亲近佛法、得广大守护之力及怨亲和税、诸愿圆成、柔伏一切障难、若求富贵吉祥、丰隆财福、所求如意自在、得大解脱。
4.若求吉祥如意：再以此功德回向xxx吉祥如意，蒙佛菩萨昼夜护念，平安顺利、所求如愿、吉祥圆满。
5.若求佛法：再以此功德回向xxx，亲近佛法、得善知识引导，自然发起广大菩提心、速证菩提，成就佛果。
6.若求学业：再以此功德回向xxx考试顺利、增长智慧、金榜提名，蒙佛加被，常安于智慧光明中、避除一切障难、思路灵敏、心神安定、离诸布畏、善愿圆满。
7.若求人缘、爱情：再以此功德回向xxx能人天敬爱，柔伏一切障难、威权具足、得善诸缘、外缘圆满，所求自在。
8.若求财运：再以此功德回向xxx财源富足、福德增长、受用无缺、运程顺遂、所求圆满。
9.综合求愿：再以此功德回向弟子身体健康、病体速愈、业障消除、福慧增长、解冤释结、常住安乐、吉祥圆满。