一．设坛
修持药师如来法门之行者，应于佛坛上安置药师琉璃光如来圣像．必须恭敬，清洁，不可亵渎．
佛前设香炉，两边安置供奉鲜花水果之瓶器，于前整齐排放四十九盏油灯，七盏亦可．
二．礼敬
焚香三柱，燃灯
顶礼一拜，念诵：南无常住十方佛
顶礼一拜，念诵：南无常住十方法
顶礼一拜，念诵：南无常住十方僧
顶礼三拜，念诵：南无本师释迦摩尼佛（一拜一称名号）
顶礼三拜，念诵：南无药师琉璃光如来（一拜一称名号）
三．赞叹
礼敬拜毕，于佛前合掌长跪，唱赞偈：
皈命满月界，净妙琉璃尊．
法药救人天，因中十二愿．
慈悲弘誓广，愿度众含生．
我今申赞扬，志心头面礼．
四．供养
赞叹唱诵完毕，于佛前合掌长跪，唱诵供养偈：
愿此香花云，遍满十方界．
一一诸佛土，无量香庄严．
具足菩萨道，成就如来香．
五.忏悔
起立，顶礼一拜，再焚香三柱，唱诵忏悔偈：
弟子某某，今于药师琉璃光如来前，发愿忏悔：
我昔所造诸恶业，皆由无始贪嗔痴．
从身语意之所生，一切我今皆忏悔．
忏悔偈唱诵完毕之后，行者可自行述说自己将忏悔之内容．
六．诵经
读诵＜药师琉璃光如来本愿经＞．
七．持名
先唱诵赞偈：
药师如来琉璃光，焰网庄严无等伦．
无边行愿利有请，各遂所求皆不退．
南无东方琉璃光世界，药师琉璃光如来．
接着持念＂南无药师琉璃光如来＂名号一百零八遍．
八.持咒与观想
行者顶礼三拜上座：诵药师琉璃光如来真言．
先诵大咒三遍：诵咒时，即观想自己心际上有一轮明月，由顶穴而出，住于对面虚空上有一金黄色之咒轮，放出无量光芒，照射一切人，病苦皆除，受安隐乐．
咒文：南無薄伽伐帝。鞞殺社。窶嚕薜琉璃。缽囉婆。喝喇闍也。怛他揭多耶。阿囉訶帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。唵。鞞殺逝。鞞殺逝。鞞殺社。三沒揭帝莎訶。
再诵小咒一百零八遍：
咒文：嗡，虎鲁，虎鲁，战孥里，摩登耆．莎诃．
诵咒与观想宜于坐中进行，当按七支坐法安坐．
九．回向发愿
弟子某某，愿将所修功德，悉将回向．．．与法界众生．愿消三障，福慧增长，诸事遂顺，同证菩提．
十．下座
焚香，顶礼三拜．即可下座出坛