（根据于晓非居士《药师七佛经讲记》整理）（山宗三原在风虎云龙五咒的基础上进一步校正）
《药师七佛经》是一部非常殊胜的经典，很多同修很重视这部经典。但是因为里面有六大咒语，且咒语中有很多生僻字，而且按照字音读诵，与原音相差甚远。故而读诵起来有些困难，致使许多同修欲修学此经而望而生畏。现根据于晓非居士在《药师七佛经讲记》中教念的读音，整理如下，供同修们参考。依此咒音读诵，虽不能完全符合原音，但也基本没什么问题。同修可打印出来，夹在经本之中，读诵到咒语的时候即依此读诵，就可顺利诵经了。有不当之处，请同修批评指正。
一、金色宝光妙行成就如来说除业障神咒
DAI雅他 C帝C帝 苏C帝 莫匝你 目KIA你 目TAI比目TAI 阿妈LE 比妈LE 莽噶列 嘿A nia噶贝 嘿惹达那噶尔贝 萨尔瓦阿尔塔 萨达你 巴RA妈阿尔塔 萨达你 妈那赛 妈哈妈那赛 爱布得（de） 爱扎布得 比达巴耶 苏WA尔你 布RUA哈妈 高克 布RUA哈妈 丢克得 萨尔瓦阿尔太库 阿巴RA贼得 萨尔瓦达RA 阿布RUA帝哈得 匝都开去 BIU打高句 巴KI得 那埋萨尔瓦 打他噶达RAM 梭哈(有下横线处为连读!)
二、药师灌顶真言
那摩波嘎瓦爹 比杀逝姑乳 比琉璃 钵拉婆 贺拉佳耶 担他噶多耶 阿拉哈爹 三雅三BIU脱也 DAI啊他 嗡
比杀逝 比杀逝 彼杀社 三目噶爹 梭哈
三、七佛共说如来定力琉璃光咒
DAI雅他 姑埋姑埋 伊埋尼米TI 妈底妈底 萨达达他噶达 萨妈底呀帝切得 阿得妈得 巴列 巴邦肖达你 萨尔瓦巴邦 那夏牙 妈妈 BIU得BIU多答埋 屋埋姑埋 BIU打可达YA 巴瑞肖达你 达埋尼达埋 埋乳埋乳 埋乳细卡惹 萨尔瓦噶拉 米瑞都 你巴RA尼 BIU得苏BIU得 BIU打阿帝刹那 RA堪都埋 萨尔瓦呆瓦 萨埋阿萨埋 萨曼那尔 哈忍都埋 萨尔瓦BIU打 包帝萨朵 夏埋夏埋 不RA夏曼都埋 萨尔瓦伊帝有 巴达尔瓦 萨尔瓦BIA达牙 不RA尼不RA尼
不RA雅埋 萨尔瓦阿夏牙 班爵牙 巴RA底巴赛 萨尔瓦巴邦 KIA扬噶瑞 梭哈
四、执金刚、释梵四天王说忆念咒
DAI雅他 阿姑麻姑 达RA姑妈妈姑 谷瑞 哈乎亥 妈RA妈RA妈RA妈RA 租租瑞租瑞 梭哈
五、执金刚菩萨说令无众恼所愿满足咒
那妈萨达NAM 三雅三BIU打NAM 那妈萨尔瓦 白杂儿达RA那母 DAI雅他 嗡 白杂儿 白杂儿 妈哈白杂儿 白杂儿巴夏 达RA你 萨妈 萨妈 萨曼达 阿布RA底 哈达 白杂儿 夏妈夏妈 不RA夏曼都埋萨尔瓦BIA达牙 姑乳姑乳 萨尔瓦噶尔妈尼 萨妈牙 妈奴萨妈RA 班噶万 白杂儿 巴尼 萨尔瓦夏埋 巴瑞 不RA耶 梭哈
六、十二药叉咒
（南怀瑾先生讲述：药师佛有十二大愿，真正护法的十二大金刚菩萨，现身为十二夜叉，他的名字就是咒语，千万注意，要记住，十二夜叉的名字就是咒语。）
宮（gong）毘(pi)羅(luo)大將 跛(fa)折(zhe)羅大將
迷(mi)企(qi)羅大將 安(an)底(di)羅大將
頞(e)儞(ni)羅大將 珊(shan)底(di)羅大將
因(yin)陀(da)羅大將 波(bo)夷(yi)羅大將
魔(mo)虎(hu)羅大將 真(zhen)達(da)羅大將
招(zhao)住(du)羅大將 毘(pi)羯(jie)羅大將
南无善名称吉祥王如来
南无宝月智严光音自在王如来
南无金色宝光妙行成就如来
南无无忧最胜吉祥如来
南无法海雷音如来
南无法海胜慧游戏神通如来
南无药师琉璃光如来
南无日光遍照菩萨
南无月光遍照菩萨
奉请：
宮毗羅大將 跋折羅大將
迷佉羅大將 安捺羅大將
安怛羅大將 摩涅羅大將
因陀羅大將 波异羅大將
摩呼羅大將 真達羅大將
招度羅大將 鼻羯羅大將