蕅益祖师五十六岁，这一年卧病灵峰，整个夏天，大病发作两次。发病当头，即使是酷暑三伏天，身子冷到要裹上几条棉被。分分秒秒的痛烈，跟在地狱里上刀山一般。平常人一夜到天明，不过是眼睛一闭一合而已，蕅祖却是像一小劫那般漫长。病到极处时，七天七夜，不能坐，不能卧，不能吃，不能喝，医疗药方全用不上力。
蕅祖病到百苦煎熬，不怨天，不尤人，更不疑因果。在枕榻上辗转，一心“忏罪何殊囚伏辜”，多生多劫的业缘，一条条地以病苦示现，丛丛簇簇地蜂涌而来，自己有如阶下待罪的囚徒。平常人病到这个田地，只能瘫痪任人宰割的份了，还能指望什么?
这时的蕅祖，唯有“痛哭称佛菩萨名字，求生净土”而已，拼力念出的佛号，可不是无病无痛人念的不痛不痒佛号，而是“称名不异儿号乳”，如嗷嗷待哺的孩子，饿到拼命哭号，要慈母听得见，快来喂奶止饥。
病到“身经九死浑亡力”的关头，蕅祖多年来在心性上的禅定力量以及文字功用，似乎使不上力。平素伤心法运垂危，誓作佛门孤臣，力挽狂澜于不坠，病到“皮缠骨”之际，从前多少痴梦消了，百年闲活计也破了。
此刻只有“归命大慈父，早出娑婆关”，把握最后一口气，“荐取宝池春富乐，从兹贫与病俱除”。一生损己利人，人未必利，到头来是自己大受其害，所以蕅祖不免有“名字位中真佛眼，未知毕竟付何人”的怅然。眼下若没有“乐邦慈父愿”可以依凭，没有“六八愿王恒摄取”，没有“六字洪名真法界”消褪病苦，那这一生真是没个人依怙了。
人间毕竟不是无间地狱，这一年蕅祖虽然为病所苦，期间还是有“暂停暂去”的病闲时光。大病过后，宛如死囚突逢大赦，那分轻爽非外人所能体味。蕅祖自知命光不再来，利用病闲的空档，放下万缘，提起佛号。病后的佛号，念来句句分明，蕅祖记下当时的念佛情形：
久向阿弥誓力深，浮生无奈染相侵;闻声见色多忘念，计后思前转昧心。
痛极色声缘自断，病危前后影方沈;孤明六字全提出，百兽群中师子音。
尝尽病苦的烧痛，什么色声香味都忘了，什么身前身后的妄想也管不了了，现在是“色声自断，幻影方沉”，心里只有一句六字洪名。南-无-阿-弥-陀-佛，每个字孤孤单单，每一句明明白白，不臃肿，不含糊;六个字，也不增，也不减，一字不漏地提出来。念来气若游丝，却是“百兽群中师子音”，字字重如千钧，声声好似狮子吼，百兽一闻此音，肝胆俱裂。
乙未年元旦，爆竹声传到了灵峰幽谷，蕅祖在病却轻利中，坐看人间新年的来到，还发了一个愿：“课续三时接莲漏，论开百部拟天亲”，一天三时念佛功课不断，要向“千部论主”天亲菩萨看齐，继续注疏经论。祖师是何等人也，焉能不知自己就要与法藏菩萨同行了，不久就要进入选佛场，与佛同归圆觉了。远近法侣们，到时候请勤来相助!一生修学所得，在同仁道友前面，蕅祖无丝毫的隐藏吝惜，盼望“诸仁应信吾无隐，快与高贤继宿盟”，唯有大家同生极乐，方能再续旧盟。
过完了元宵灯节，正月二十日，蕅祖大病复发。二十一日午时，一代祖师趺坐绳床角，向西举手而逝。