俟请名西医来检查证明，据说：‘五脏很好，什么病都没有，有之，即是‘老病’，人老了，心脏机能减退，已不敢再予用针药。’
六月十六日，大师命由九龙图书馆回荃湾弘法精舍，准备后事，尝对大众说：
‘人生如做戏，活著如是，死亦如是，现在我的戏演完了，该要煞戏了。’有时弟子等劝以服药医治，大师曰：‘药能治病，而不能治命，人命以“无常”为定律，无常到来，谁也脱不过。我自己的生死，自己做得主，知道自己的去处。’并对门人等诸多咐嘱，勉各自重。（详见湛山倓虚大师示寂记——大光记）
夏历六月廿二日下午二时，大师很清醒的摸了摸自己的脉搏说：‘脉已乱了，请你们把我扶起来，结跏趺坐，我要走了，’说著大师把腿盘起来，手结弥陀印，在大众说法及念佛声中，闭目观心，很安祥的走了。这时门弟子们忽然省起，大师为什么金刚经讲到第十七分便停讲，原来是预示‘究竟无我’，要入涅槃了。
六月廿三日，门人等在弘法精舍为大师启建念佛七七四十九日，圆满日荼毗，由筏可上座举火，白云缥缈，香闻数里，是日参加仪式者数千人，香港政府华民政务司，特送花圈致意，开百余年来港府向僧人致祭之先例，俟捡拾灵骨获舍利数千粒，骨花五大盘，光耀五色，灿烂晶莹，灵骨安藏于九龙西贡山麓大澳门，湛山寺塔院内，舍利分由各方迎请建塔供养。