大师安然舍报，巍然端坐，面貌如生。妙真方丈等法师及随侍居士跪在大师面前念佛，莫不涕泪哀恋，恨不能即随大师而去。初五日，真达和尚、妙真法师等恭送大师遗体入龛，并安排寺僧仍旧继续日夜分班助念佛号，护持大师灵体。计划在大师示寂之百日，即夏历二月十五举行荼毗典礼。
考虑到大师皈依弟子遍布海内外，仅吴县、无锡两处，皈依者就达万余名，听到大师荼毗典礼的消息，来山瞻礼者必然很多，因此灵岩山寺事前先期早为部署，以免临时仓卒。
到夏历十五日，住在灵岩山上的善信，已达一千余人，而当天来山的人，也很多。山上十分拥挤，在山麓遥遥仰望顶礼的居士，也有不少，念佛的声音，震达云霄。十四日天气是雨夹雪，到十五日则天朗气清，风和日丽。大师的遗龛供在法堂，上午十点，诸山长老，集中再龛前诵经并上供。
下午二点，由真达和尚说法起龛，真达和尚说：
我师一生甘澹泊，从来古道教人行；
绝不谭玄不演妙，专诚信愿事无生。
恭维 光公老人。为一大事因缘出现于世，降生郃阳，童真习儒，体貌魁梧，天姿颖悟。初效程朱，已中其毒，屡经目眚，始知出俗。披缁南台，参方茹苦，息足红螺，潜心净土。道高德劭，龙天捧出，弘法灵岩，四众钦服。似优昙华，亿劫罕遇，果证无生，挺然归去。且道起龛一句又作么生？咦！五浊法缘今已毕，暂归安养再重来。
真达和尚说完，炉幡鱼磬在前面引导，僧众抬大师灵龛去寺西化身窑。灵龛经过的路上，善信男女，纷跪路傍，挥泪悲恸，哽咽啜泣，如丧考妣，足见大师道德感人之深。
到达化身窑，安放好大师灵龛，真达和尚说举火法语：
自古色质从缘生，今日缘尽生还灭；
生灭灭已是真我，者个真我无迁变。
恭维 印光我师莲座。老人处世，乘戒俱急，事理豁畅，堪拔众疑。法门几落，蒙师再继，三宝人天，皆大欢喜。分身秽土，庄严净地，广宣法泽，融通二谛。荷担如来，挽救末世，苦口丁宁，读之流涕。今日垂光，惊天动地，情与无情，等沾法利。且道举火一句再作么生？（火把打一○相云）这焰只焚三有相，归来妙性一轮新。
说完，真达和尚把火点着，只见香气氤氲，大众唱赞回向。国内各大名山，各大丛林，及各地佛教会、佛学会、居士林、莲社，各特派代表来山参加荼毗（火化）典礼，国外如菲律宾、新加坡、槟榔屿、南洋群岛各佛教团体代表，广洽、明瑞、正观诸长老，暨叶青眼居士等，复有外国人士及僧侣，专诚来山，参观大典。地方机关、公共团体，亦各派代表前来致祭。上海居士界推派吴南浦、贺云章、忻耘青、及松年四人为代表献供。
当晚，化身窑上空烟白如雪，现五色光。第二天晚上，妙真和尚带领主要执事和各方代表到化身窑检骨，发现大师遗骨色白质坚，重如矿，触之，作金声；顶骨裂五瓣，如莲花；齿全不坏，三十二颗。检得五色舍利珠百余颗，精圆莹澈，夜间视之，有光放射；又有大小舍利花及血舍利等，共一千余粒。其形有珠粒者，有花瓣者，有块式者；其色有红者，有白者，有碧者，有五彩者，形色殊异，数以百计。检完后，分为六聚，装在盘子里。第一类是五色舍利珠，珠者粒圆而散者也；第二类是五色小舍利花，花者珠粒相黏成花状也；第三类是五色大舍利花，大花者薄片如花朵者也；第四类是五色血舍利，血者肉所化也；第五类是五色舍利块，杂形如块者也；第六类是牙齿三十二粒，所谓牙齿舍利也。在山缁素，亲见大师舍利缤纷，莫不叹为希有。
寺方检拾完毕后，开放大师化身之地，供远道而来的法师和居士瞻礼，大家检余灰烬，往往有信士，礼拜祷求，必能找到舍利。例如，新加坡广洽法师先得五彩舍利，五台山法度上人得翠色舍利，上海乐慧斌居士得巨块血舍利。
袁德常居士作为无锡净业社代表提前两天来参加大师遗体荼毗典礼，十七日早餐后，正准备向妙真和尚告辞回无锡，忽然听人说大师灵骨已出，舍利无数。于是赶紧去化身窑探视，看到尚有少数余灰，二三位法师僧人，弯腰在地上检寻。问他们，果然是在找舍利。袁居士随即礼拜，跪请舍利。又有十余人相继而来，都捡得舍利，满愿而去。唯独袁居士一无所得，一位法师见袁居士没得到舍利，把一颗不太圆的舍利送给他。袁居士非常感激，握在掌心，虔诚念佛，继续检寻。后来见到一颗小舍利，光明触目，正想捡起来，但觉忽隐忽现，几乎得而复失。幸好旁边的人帮袁居士检了起来。袁居士把这一颗也放入掌中，突然发现掌中原来的一粒已变成两粒，多出来的一粒，不知从何而来，加上新捡到的一粒，总共得到三粒。袁居士得到舍利，感到于愿已足，但看到灰中还有一些极小的骨屑，他想这都是师尊精血所成，小大有什么区别呢，都应该珍重。于是发愿把那些细小的骨屑都捡起来，带回去与舍利一并供养在佛教净业社中，永久纪念。
午餐后，袁居士乘车返回无锡，到家时已七点多。晚餐后，召集家人，一起焚香顶礼，迎请大师舍利和师尊灵骨。打开一看，发现骨中出现无数舍利，光耀夺目，也不知从何而来！ 第二天，将大师舍利供奉社中，大众礼拜参观，看到五色舍利，小大不等，光明灿烂，有如明珠，莫不悲喜交集，惊为希有之圣瑞。
“舍利”是梵语，意思是身骨，也叫灵骨。是修行人戒定慧力所成，非炼精气神所成。是心与道合，心与佛合的人的表相。并非死后火化，才出现舍利。古有高僧淋浴而得舍利者，又雪岩钦禅师剃头，其发变成一串舍利。又有志心念佛，口中得舍利者。又有人刻龙舒净土文板，板中出舍利者。又有绣佛绣经，针下得舍利者。总之，舍利是修行者道力所成。印光大师一生，严净毗尼，专志净土，最后一著，既现生西瑞相以垂范，复留舍利以彰法身不坏之相，令有缘者，瞻礼供养，咸获功德。这表明大师悲度众生，弘愿无尽。而无锡袁德常居士以诚信所感，所以大师骨屑变成了更多的舍利。
妙真和尚将大师六聚舍利，摄影分赠知识，远近见者，莫不叹为希有，不少地方发心迎请供养。灵岩山寺、无锡佛教净业社等先后建塔供奉大师舍利，永作纪念。
大师虽然遗命死后不许追悼，但是大师示寂后，海内外佛教团体，难抑怀念之情，纷纷开会追悼，薄海同悲。
上海佛教团体于1940年12月22日，在觉园举行印光大师纪念会，参加团体有佛教同仁会、居士林、净业社、菩提学会、弥陀精舍、佛学书局、省心莲社、安养念佛堂等，普佛上供。又上海佛教莲友社、大法轮书局、觉有情半月刊三团体，于农历十二月一日，在莲友社开“印光大师追念会”。
南京佛教徒于农历十一月十七日，在观音庵开追悼印光大师法会，到妙莲法师、赵默生居士等数百人，挽联琳琅满目。
重庆缁素闻印光大师圆寂，无不悲戚叹惜，农历十二月十五日，由太虚法师导缁素数百人，在长安寺念佛追荐。
桂林佛教界同人闻印光大师西归，不胜哀念，广西省佛教会特于十二月八日举行追悼，并翻印大师《嘉言录》，流通八桂，以资纪念。
成都佛教界于农历十一月十七日，假文殊院追悼印光大师，到佛如法师、王柏龄居士等六百余人，该院并为大师临时启建佛七。
昆明佛教会追念印光大师，腊八日在云栖寺举行，由戒尘法师主席，到会男女居士甚众。
杭州佛教界于大师荼毗日开追悼大会，并假姚园寺，举行追念印光大师佛七道场，由常明律师主持，仪式隆重。
泉州缁素各界闻大师噩耗后，由广义法师、觉圆法师、周伯遒居士等，编印《纪念印光大师特刊》，以示追悼。并由晋江佛教会通令各寺庵为大师设立莲位三日，早晚顶礼，念佛回向。
天津佛教界于十一月十七日，集印心精舍，为印光大师作道场一昼夜，用为纪念。
北平四众于十一月十二日，由显宗长老领导，在广济寺举行纪念印光大师法会，参加数百人，收到当地各界挽联三十余件。
新加坡华侨领袖李俊承、蒋骥甫、庄笃明诸居士等，于二十九年十二月二十九日，联合该地佛教信徒，假龙山寺举行追念大会，参加者三百余人。
菲律宾群岛马尼拉埠旅菲中华佛教会同人，大乘信愿寺僧众，暨大师皈依弟子之在海外者，及诸信仰大师男女同侨，于三十年元月十九日上午九时，在该埠那拉街一零七四号，大乘信愿寺内，召开纪念大会。