清光绪三十年（1904年），甲辰年，大师44岁。这一年大师做的比较大的事是协助谛闲法师为温州头陀寺请大藏经。
前文说了，1900年大师第一期三年闭关期满，曾给护关侍者融明法师写信，提到谛闲法师放下一切，专修净业。所以大师也继续闭关到1903年。同一时间，谛闲法师则在温州头陀寺闭关三年，教观并进，定慧双融，晓夜淬砺，唯勤唯精，深得法益。两位大师互相策励，同时闭关专修。到1903年的时候，两位大师都出关了。谛闲法师出关以后，因法兄授公嘱托，重起宏规，担任头陀寺住持。开讲了《楞严经》。秋天又讲了《弥陀要解》和《梵网合注》。印光大师出关后则仍住法雨寺藏经楼。
1904年的时候，谛闲法师要为头陀寺请龙藏。早在清光绪二十四年的时候，了余和尚时为普济寺监院，请谛闲法师去讲过《法华经》，并建为莲篷请谛公住过，所以那时谛公就与印光大师认识了，并且成为好朋友。现在请大藏经，想起印光大师不就是帮助化闻和尚请藏经，然后来到普陀山的吗。所以谛老正好请印光大师一起去北京帮忙料理印制大藏经的事宜。
顺便交代一下温州头陀寺，头陀寺是俗称，本名密印寺，始建于后汉乾佑间(948—950)。据《重建头陀密智禅寺碑记》等记载，唐代高僧永嘉大师(或称宿觉、元觉、真觉大师)曾栖迟于此。明林增志青年时，亦在此读书，林为瑞安人，崇祯进士，后仕官少詹事，明末，随唐王赴闽，官至礼部尚书，明亡后，回到温州匿名隐居该寺，削发为僧，首力兴复禅寺。历时四载，于顺治8年(1651年)冬落成，寺宇规制伟然，与浙江北部的双经、天童、雪窦等诸大佛寺差不多雄伟。
大师这次到北京是故地重游，因为大师光绪十二年到光绪十八年都在北京附近的红螺山资福寺和北京的龙泉寺、圆广寺参学。当然这次北京请藏很顺利，经印完以后，还要等几天才出发回头陀寺。大师是读书人出身爱书，作为出家人珍惜佛经佛书。而城南琉璃厂书肆林立，不仅举子们应考的各种书籍应有尽有，平常找不到的佛经单行本有时在这里也会找到。大师光绪十三年朝五台前就去琉璃厂寻找《清凉山志》，并且还找到一本。这次借着藏经起程前的几天空闲时间，大师又到琉璃厂去看看。
琉璃厂西街位于和平门外，街长300多米，辽代这里是京城的东郊，叫海王村，金代叫海王庄，元代开始在这里设置官窑，烧制琉璃瓦，为四大官窑之一。明代为营建宫殿，扩大了琉璃厂的规模，为工部五大厂之一。清代初期，琉璃厂迁移至京西琉璃渠，此处仍沿用琉璃厂之名。清以来，这里逐渐形成一条以书铺、字画为主的书画街，并为文人学士、社会名家和鉴赏、访书、藏书者所青睐。潘际云有诗云：“细雨无尘驾小车，厂桥东畔晚行徐。奚童私向舆夫语，莫典春衣又买书。”描述了这里对读书人的魅力。
大师这次在琉璃厂有重大收获，在一家店里发现两部清世宗撰著的《拣魔辨异录》，大师都请了回去。《拣魔辨异录》是一本什么样的书呢？大师为什么这么重视这本书呢？原来这本书与禅宗历史上一件大事有关。晚明时期的禅宗汉月法藏禅师（1573～1635）虽嗣法密云圆悟禅师（1566～1642），然而又自称得心于宋朝高峰原妙（1238～1259），印法于寂音（1071～1295），主张古今可遥相嗣法。其著作《五宗原》，认为“威音王佛之圆相早具五家宗旨”。其门人潭吉弘忍也作《五宗救》，论证他们倡导的法门“宗旨”，是从上六祖五宗世代相传的真正“法乳”。其师密云禅师反对他们的观点，师徒关于“临济宗旨”的论辩，引起禅门诸家诤论不已。清世宗雍正皇帝也是禅门的大师，至雍正十一年，他选编历代禅师的语录，全面了解到法藏及其徒弟的讹妄，就下令毁板，并禁止私藏流通。摘录法藏、弘忍、具德所说，悖道悖伦，妄造悖理之各语言八十余段，一一辟之，名为《拣魔辨异录》。印光大师赞同雍正皇帝的观点，认为《拣魔辨异录》其文，凡读书人阅之，都增长莫大学识。而于参禅之人更为有益。认为法藏法师乃佛法中怨，初亲近天童密云悟祖，得小悟处，便欲为千古第一高人，自谓无师自悟。密云欲付彼法，不肯受而去。密云追之，追至某处追及，犹不肯受。云祖勉强要他接法，他乃以三玄三要令密云答，方强受其源流。所说之事，均是妄造。士大夫信奉之若活佛。有谈及法藏破处者，必有大祸。
大师请到的两部《拣魔辨异录》，送了一部给谛闲法师，希望他帮助流通。大师自存了一部，后来听说日本弘教书院新印藏经，大师去南京拜访杨仁山居士的时候，就托杨居士把这一部《拣魔辨异录》送给日本入藏。后来大师自己又劝狄楚青石印一千部，仔细校订，再到民国七年，又在扬州藏经院刻印。
大师和谛闲法师一起护送大藏经到头陀寺，走水路，到达温州刚登岸，碰到天气突变，雷电交作。将要下大雨。为了不让藏经受到污损。两位大师虔诚祝祷，以冀龙天护佑。一面又多雇工人起运。历数小时，始达本寺。等到全藏刚进大殿的时候，大雨就倾盆而下了。当时观者塞途，都说感应不虚。大师帮忙把大藏经在藏经楼安顿好了以后，仍回到普陀山法雨寺。