光绪二十三年（1897年）丁酉夏，法雨寺大众一再坚请大师讲经，大师推辞不掉，就为大家讲了一座《佛说阿弥陀经要解便蒙钞》。《便蒙钞》是清代红螺山资福寺达默法师在道光十七年己亥（1837年）于武汉宝通寺编写的，他在自序中介绍他曾讲弥陀要解十有余座。“于己亥岁。结夏武昌宝通寺。共二三莲友敷扬此解。随解随录。次后渐集成帙。”至于首次出版流通可能是在道光末年（三十年，1850年），见当时资福寺方丈净业莲村氏的序言。这本钞是达默法师以弥陀要解，文深理奥，不便童蒙。所以按照天台教理，逐条著钞，使初学之士，易于进步。印光大师这次讲经就选择《便蒙钞》来讲。
大师讲完《便蒙钞》后，就在宝珠殿一侧的关房闭关专修念佛。大师不是讲经的法师，大概讲经的人也需要相应的身体素质，大师小时候害过眼病，如果说话过多，眼睛就发红，而难以看字，这是大师所示现不讲经的一个重要原因。更重要的原因在于，大师以净土为宗，净土宗的道风在实行，而不在讲说。以言教者讼，如果没有实证的功夫，你说得就算有道理，别人也不一定听从，还会腹诽（心里怀疑）。以身教者从，如果你首先做到了，再去教别人，别人就会遵从。因此大师把主要精力放在实修念佛上。
闭关是佛教的一种修持方式，指闭门谢客而隐居修行。大师修净土宗，闭的是净土关。闭关者或者阅藏研教，或者专修一门，根据各人预期的目标而有所不同。期限也不一定，有几个月的，也有数年的。闭关期间，以不出关房为原则。因此，关房外须有人护持饮食、医护等事，称为护关。闭关先制身一处，进一步制心一处。佛经上说：制心一处，无事不办。大师闭关的期限定为三年，护关侍者是融明法师。一座寺院有法师发心闭关修行是寺院的一件大事，往往要举行很隆重的闭关仪式，由方丈带领全体僧众到大殿礼佛后，送闭关者入关，等闭关圆满结束时，方丈再带领大众迎接闭关者出关。印光大师这次闭关如何修行没有留下记载，不敢妄测。这里引用大师复明心师书，从大师对明心法师闭关指导中可以看出大师闭关的经验：
“闭关专修净业，当以念佛为正行。早课仍照常念楞严，大悲十小咒。如楞严咒不熟，不妨日日看本子念。及至熟极，再背念。晚课弥陀经，大忏悔，蒙山，亦须日日常念。此外念佛宜从朝至暮，行住坐卧常念。又立一规矩，朝念一次，未念前拜若干拜。（先拜本师释迦牟尼佛三拜，次拜阿弥陀佛若干拜，再拜观音势至清净大海众各三拜，再拜常住十方一切诸佛，一切尊法，一切贤圣僧三拜。）念佛或一千声，或多或少，念毕再拜若干拜。午前一次，午后一次。再歇一刻做晚课。初夜念蒙山，后念佛若干声，拜若干拜，发愿回向，三皈依后，心中默念佛号养息。卧时只许心中默念，不可出声。出声则伤气，久则成病。虽是睡觉，（音教）心仍常存恭敬。只求心不外驰，念念与佛号相应。若或心起杂念，即时摄心虔念，杂念即灭。切不可瞎打妄想，想得神通，得缘法，得名誉，想兴寺庙。若有此种念头，久久必至著魔。若不与汝说破，恐汝以此为好念头，妄想日日增长，必定著魔无疑。纵令心净妄伏，亦不可心生欢喜，对人自夸。有一分就说有十分，此亦著魔之根。......入关仪式，亦无定章，总以至诚恭敬为主。要在先日礼佛，陈己志愿。当日大殿礼佛，至关房令护关人锁门。门上只贴（不慧明心，发心闭关，专修净业，普为自他，忏除宿咎，增长善根。）作两行写于一纸上，贴于门正中上节。不必学不洞（音董）事的人，用三叉封皮写封条，俗鄙之极。日期自择，亦不可请人封关。此种都是摆空架子，光极不以为然。”
印光大师1897年闭关，到1900年第一期三年闭关结束后，护关侍者融明法师回了家乡，大师给他写了一封信，嘱咐他要亲近净土道场和净业知识，以免在与俗人的来往中，忘掉了念佛求生净土的大事。要做到“当时时努力。若能念念在道，随忙随闲，不离弥陀名号。顺境逆境，不忘往生西方。便可于父母之邦，随缘常住。”又说：“谛法师专修净业，予料其必得大利益。以彼撑持道场种种心，皆死尽无余。念佛之心，又恳切之极。恐彼深得三昧，我尚未能一心，他日何颜见彼。故当仁不让，又欲闭关。”于是，大师从1900年到1903年又继续闭关三年。
大师的长期阅藏和闭关专修念佛，实证念佛三昧，为民国建立后出世弘扬净土打下了坚实的基础。