印光大师移居灵岩山寺后，在大师道德光辉的慈被下，不仅灵岩山寺僧众能够安居熏修，就是苏州城内的报国寺内关房，前后始终未受影响，中外士兵足迹不到。
民国二十七年（1938年）春，由于战乱影响，灵岩山沿山多盗匪，附近居民夜宿坟中，不敢回家。大师慈悲持念大悲神咒加持大悲水，环山洒净，使得盗党绝迹，良民安居。
具体情况是这样的。七七事变以后，遍地皆匪，乡居者夜不安眠。稍能温饱者，晚上不敢住在家里，躲到田野间，以避祸害。苏州四乡也是这种情况。因此木渎镇灵岩山下的居民，晚上藏匿在坟墓间，每遇到刮风下雨天气，苦不堪言。大师了解到沿山多盗匪的情况之后，慈悲之心油然而生。老人家乘轿下山，环山洒净。遍告居民，不必避匿，可以安居家内，决无祸害。从此以后，灵岩山附件果然再无匪患，居民可以各安生业。在战火之中，唯独灵岩山上，未损一草一木。当时山上僧俗，都以印光老法师在此，可以作为生死的依靠。所以不问环境得变化，更加精进念佛。各方部队至此庄严道场，肃然起敬，不敢侵扰。
圆拙老法师当年在灵岩山寺参学，他回忆了印光大师拒绝接受日军军官赠送大藏经的事迹。
一天，寺中的青年僧人亲眼看到有人领着几个日本军官来寺内找印光老法师谈话。最初他们谈什么，大家远远地听不清楚，但是看得出老法师态度很严肃，有拒绝某事之意。最后，日本军官拿出日本修订出版的《大藏经》（它是各种版本中内容较广泛的一种书）送给灵岩山寺。青年僧众认为是日本人看得起灵岩山寺，才把他们最好的《大正大藏经》送给我们。在日军占我国土，杀我同胞的时期，老法师当然不能接受日本人的礼物，他老人家当时委婉地说：“我们这里的僧众都是念佛德僧人，不是研究经文的僧人，请把你们这么好的《大藏经》转送给有关研究人员吧。”就这样，拒绝了日本军官的赠送。这件事，唤起了僧众的民族尊严和爱国主义思想，对大家启发教育十分深刻，体会到大师“威武不能屈”的崇高气节。
大师的慈悲道德还化及蜂子、虫蚁。佛经说“蠢动含灵”，的确不虚。
1938年夏的一天，报国寺藏经楼，发现无数白蚁，大师在灵岩山寺听说后，赐大悲水，令人洒之，白蚁从此绝迹。
灵岩山寺最初有铁嘴蜂盘踞其中，损毁梵宇，臭蚁尤其多。大师移住灵岩山寺后，蜂蚁都迁移走了。
无锡净业社从民国二十五年（1936年）起，在崇安寺大雄宝殿开念佛道场。宏扬佛法。不意七七事变时，大殿被毁。道场移至北禅寺。庭院中有两棵大树，臭蚁特别多，大家念佛时每集头面。偶一不慎，难免杀业。社友感到苦恼。袁德常居士到灵岩山寺，把情况报告给大师。大师说：“此地树上，亦多臭蚁，日前曾将大悲水洒之。蚁已他去矣。锡社亦可如法而行，必能有效也。”袁德常居士回无锡后告诉净业社各位连友。于是在净业社定期念佛的时候，将印光大师加持的大悲水，环树洒之。从此院子中再没有臭蚁的打扰了。
丁丑年（1938年）的除夕，灵岩山寺平时照顾印光大师饮食的一位伙头工人准备赶回家去过年。大师给了他数百文路费。晚餐后，伙头工人向大师告辞。大师说：“汝今夜仍当返。”伙头工人说：“既然回家，当等到明天早晨再来。”他没有琢磨大师的话就走出山门下山了。走到半山坡的时候，树林中突然窜出一个强人，看样子衣衫破旧，像是逃难的灾民，他拦住伙头工，把几百文钱都抢走了。伙头工人想到钱既然被抢了，回家也不好意思，不如仍返回寺里。伙头工回到寺里，来到印光大师的关房报告自己被抢了。大师却说：“不用着急，钱一会会送回来的。”
抢劫伙头工人的人因为天色已晚，不便于下山，来敲山门求借一宿。伙头工打开山门，见是林中抢劫的那位，就笑着说：“你果然送钱来了。”抢劫者一听，吃了一惊，仔细一看，开门的人就是自己刚才抢的人，于是老实承认。伙头工带他去见印光大师，他扑通一声跪在地上，说兵荒马乱，没有出路，请求留在寺里出家当和尚。印光大师劝他还是回家，照顾家眷，好自为人。
这件事传出之后，去灵岩山寺拜见印光大师的人更多了。次年，钱穆从西南联大回苏州侍奉母亲。他幼年曾读过印光大师的文钞，听了这件事后，也约朋友准备去拜访印光大师。但听说日军纷纷往来，怕有危险，于是中止未去。后来，钱穆把印光大师的这件轶事收入了其著作《晚学盲言》。
附录12：印光大师开示不伤虫蚁使虫蚁远离的方法
接手书，备悉。汝所附问之事，实为贵地沐佛法之渐。以贵地人以橘为出产，倘能以至诚心持大悲咒，咒净水一百八遍。然后持此水向橘树洒之。随行随念咒随洒。其虫纵有，决不至太甚。倘极其恭敬至诚，当可不生。如不会大悲咒，念准提咒，或往生咒，或心经，皆可。即全不会，但至诚念南无大慈大悲救苦救难观世音菩萨一万声（。预先供净水一碗，念毕向树洒之。）去时随行随念，至树处随行随念随洒。倘肯日日常念，或在树林周围念，其树必定茂盛繁实。世间人不知道，唯知利。果能依此，不生虫，多结果实，则人皆肯念矣。若有虫，则难令不捕。须令其不生，乃根本解决法。生而不捕，断做不到。凡事顺人情则易从。逆人情则不从。汝先作此法，倘真灵，然后以此劝其一乡，则一乡便可通沐佛化。至于宣讲，甚好。然须有有工夫之人。若事务烦剧，何暇宣讲。欲化导一乡，宜先从此事起。所谓法不孤起，必有因缘，方能发起也。凡修行人，必要心地好。心地好，再加以恭敬至诚，断无不灵者。心地不好，又不恭敬，既无有感，何能得应。此事理所必然者，祈慧察是幸。（若常念，不必并大慈大悲救苦救难念，但念南无观世音菩萨即已。凡怨业病，医不能治者，及犯鬼犯狐，念之即可解消遣散。凡刀兵水火恶兽恶人等危险，若至诚念之，即有大转折。若心不至诚，兼有疑惑不信之心，及心存恶念，欲成就恶事者，则无效验。汝果能真实如是行，如是化导，则汝乡便可家家观世音，人人弥陀佛，为佛乡矣。）（《印光法师文钞三编》卷二复卓智立居士书四）