念珠的作用主要是帮助修行者收摄心意，消除妄念，专注修行。同时也使修行人完成每日规定的课诵不致懈怠，记数而用。
《木穗子经》中，佛陀开示毗琉璃王“欲灭烦恼障报障者，当惯木穗子一百八，以常自随，若行，若坐，若卧，恒常至心无分散意，称念佛陀、达摩、僧伽名、乃过一木穗子，如是渐次度木穗子，若十若二十，若百若干，乃至百千万，若能满二十万遍，身心不乱，无诸诌曲者，舍命得升第三焰摩天，衣食自然，常安乐行；若复满一百万遍者，当得断除百八结业，始名背生死流，趣向泥洹，承断烦恼根，获无上果。”
《佛说校量数珠功德经》说“受持数珠校量中功德，获益差别，若有诵念诸陀罗尼及名号，为欲自利及护他人”《金刚顶瑜珈念珠经》中载金刚萨壎菩萨偈曰：“静虑思念心专注，念诸如来菩萨名，当获无量胜功德，所求胜愿皆成就。”
一粒粒念珠，圆润饱满，象征着菩萨圆满的正果。用线贯串起来，是表示菩萨的种种功德，串珠中的一粒母珠(俗称佛头)是表示弥陀佛的无量光明无量寿。念珠是串起来的，但也可以分开和断结，这表示以菩萨的种种殊胜功德来断除众生的种种烦恼。
念珠又被有些人称之为“栓马索”，是比喻人心如狂奔的野马，杂念纷纭，刹那不停，所谓“心猿意马”。唐玄奘曾上表唐太宗谓：“愿托虑于禅门，澄心于定心。制心猿之逸燥，系意马之奔驰。”手掐念珠有助于遏制妄念，收摄心猿，栓系意马，增加定力，专注一心，不生懈怠，精进修行，断除报障，升起智慧，利已扩人，成就菩提。
手掐念珠，口诵佛菩萨真言或圣号(如净土宗以行住坐卧不离念诵“南无阿弥陀佛”以收摄身心：藏地居民随时随地念诵观音菩萨的心咒，即六字大明真言“嗡嘛呢呗美哄。”)，心想诸佛菩萨的庄严慈悲德相，久而久之，烦恼自然减少，心地自然清净。正如梦东禅师云：“清珠下于浊水，浊水不得不清；佛号投于乱心，乱心不得不佛。”念珠携在身，使人时时反省内心，提醒自己：“诸恶莫作，众善奉行。”
同时，据《数珠功德经》中曾说，若有人手持数珠，虽不念诵佛名及陀罗尼者，此人亦获福无量。而《金刚顶念珠经》偈云：“若安项髻净无间，由戴项上灭四重。手持臂上除众罪，能令行人速清净。”