在东晋慧远大师的时期，东林寺实际上是非常兴盛的，是南方佛教的中心。到了唐代大周年间，也是非常好的一段时间。
自唐武宗灭佛之后，东林寺就全面衰败。北宋年间有一个常总禅师在这住持，中兴了一段时间。到了明代，又很衰落了。
我们通过明朝文人学士王阳明描写东林寺的诗歌，就可知一二。他非常感慨，一个曾经辉煌地祖庭寺院，怎么成了这个样子?且看他的《远公诵经台》一诗：“远公说法有高台，一朵青莲云外开。台上久无狮子吼，野狐时复听经来。”
那见月律师《一梦漫言》里记载的东林寺不仅衰败，荒草萋萋，大雄宝殿都是灰尘呐，而且想挂个单都不许。
到了太平天国时，这些太平天国是奉行上帝会的，他们所到之处，把本土的宗教——佛教和道教全都摧毁了。
到了清末，包括民国年间，东林寺实际上基本就成了子孙庙，没有多少房子。子孙庙就是师徒相承，一个派系，云水僧想挂单都不可以。上个世纪五十年代时果一老和尚想在东林寺挂单挂不了，不让他挂。
有一个资料提到，在民国年间东林寺非常凋零之时，上海的一批居士想重兴东林寺，就想把印光大师请过来。印光大师也没有拒绝，但是提了个要求——如果我去东林寺，必须要改成十方丛林!
然而这个要求都落实不下来，当时本寺院的那些比丘们就是要坚持子孙庙，那就根本就没有办法弄了。
在上个世纪60年代至90年代，果一老和尚三造东林，在他老人家德业的感召下，基本上使东林寺有点规模了。但近年来，那些规模又觉得不够用了，所以这些年来我们也盖了一些房子，扩大了一些地面。
所以佛教的兴衰隆替啊，从东林寺一个寺院来看，就可以窥一斑而见全豹。大众当珍惜现今之时代清平，专心办道，志崇解脱!