对于因果的道理，我们要谨慎取舍，千万不能以“万法皆空”、“究竟无善无恶”、“万法唯心造”等作为借口，而轻视因果。虽然在胜义的本智空性，没有因果可言，但对于凡夫俗子而言，人人都被五毒烦恼遮障，仍然会显现一切事物，因果也是这样显现的。种什么因，得什么果，千万不能藐视因果，否则就会吃尽苦头。
莲师曾对藏王赤松德赞说：“我的密乘见解极为重要，但行为不能偏堕于见解方面，否则，见解上一切万法都不存在，把善法和恶法都解为空，见解也会成为魔见。同样的，见解也不能偏堕于行为方面，否则，行为上有实执，见解上如果也是如此，就会被实相和有相所束缚，这样就没有解脱的机会。”防止见解变成魔见，防止行为变成魔行，空性修持与因果取舍都要重视。
莲师又说：“是故见比虚空高，取舍因果较粉细。”意思是，就算有再高的实相见解，在行为上，取舍因果还是要谨慎入微，就算一点点小恶也不违犯，非常微小的善法也要去做。
有人曾问帕单巴仁波切：“已经证悟空性的人，造了罪业，是有害还是无害?”帕单巴仁波切说：“真正证悟空性的人，是不会造罪业的。因为证悟空性和生起大悲心是同时存在的。”一个修行人，理应修持正法，而修持正法，应以因果舍取为主要，见解和行为要一致且不能悖离。
藏传佛教白教的第二代祖师密勒日巴大师，年轻的时候杀过很多人，还经常使用巫术作恶。但他晚年之时，证悟空性，成为一代大成就者。有些弟子心存疑问：大师曾作恶甚多，为何还能成就?他的弟子日琼巴是从印度留学回来的佛学博士，他就经常与密勒日巴大师辨论。大师是苦行出身，多不以言语辨之，而是以神通力让弟子信服。
一次，密勒日巴大师问日琼巴：“虚空真实存在否?”日琼巴说，“虚空为空。”大师就开始如敲锣一般，敲打起天空，当当作响，这让佛学博士日琼巴目瞪口呆。大师又问，“石头真实否?”日琼巴说：“当然是真。”尊者就钻进坚硬的石头里，又从顽石另一端钻出来。大师还在墙壁与牛角等看似实物之中自由穿梭，用这样的方式调伏能言善辨的日琼巴，灭掉了博士弟子的嚣张。最后，日琼巴成为他最有名的大弟子之一，如尊者一般获得成就。
密勒日巴大师在觉悟后，辨才无碍、口若悬河。著名的《密勒日巴道歌》唱出来的，都是他实修的甚深境界。弟子们对尊者的崇拜日益增长，有弟子殷切请问：“上师啊!您一定是金刚持佛的转世，否则曾杀过那么多人，照理说应下地狱，怎么可能一生修行，就成为这么伟大的成就者呢?”他们认为尊者一定是佛菩萨的化身，从一个大罪人到即身成就，只是一种示现而已。
密勒日巴尊者却说：“你们有这种想法，是对上师具有信心的一种表现，但从正法而言，却是一种邪见。正因为我知道依照因果业报，自己一定会下地狱，所以才尽最大的心力去忏悔，精进修行，也因此才有了今天的成就。我有能力做到，你们也可以做到。对于佛陀所传授的义理，我从来没有丝毫的怀疑。如果你们能对因果生起诚信，就要像我这样虔信精进，所有凡夫也都能做到，也会生起同样的功德，到时候，就都可以称为金刚持或佛菩萨的化身了。”
密勒日巴尊者的回答，指出了弟子们对因果没有具足全然的信心，才无法像他一样精进;更以自身一生的经历，勉励弟子们只要诚信因果，精进修行，最终一定会获得成就。