达观大师逝世后，憨山大师回忆起他曾说过：「愣严经七趣因果，世间书籍没有与它对应的注解。」大师当时说：「春秋正是说明因果的书啊。」于是发心写《春秋左氏心法》，借发挥因果的道理，弹劾政治上不明因果而致的腐败，提倡因果乃立世之本。
万曆三十三年，大师六十岁。这年三月，大师渡过琼海，访寻苏东坡曾在此住过的桄榔庵和白龙泉，又寻找觉范禅师的遣迹，结果没寻到。晚上住在明昌塔院，写了一篇《春秋左氏心法序》。
第二天，大师游石山，写了《琼海探奇记》和《金栗泉记》。晚上登上郡城，看见城中生气不佳，立刻对地方人士说：「琼城将有灾难了，你们赶快逃避吧!」但人们都还以为大师在骗他们。当大师收拾行装准备离城时，郡城的土大夫们苦苦相留，但他无论如何也坚持要去。
第二天大师印渡过琼海，半个月以后，琼城即发生强烈的地震。城东的旧壁和门都陷了下去，城中的官舍完全倾塌，明昌塔倒下正压碎了大师曾居住过的楼房。许多知情人都认为大师有神通。
四月制府檄大师回五羊。七月大师到曹溪。这时祖殿已完成十有六七，修建时欠工料费千金，大师向两位内使化缘，偿还了借款。大师又修建了五羊青门长春庵，作曹溪的廨院，为六祖大师办供。
万曆三十四年，神宗皇上的长孙诞生，朝廷大行恩赦，凡在充军的老年有病者，及有错贬的，都听其辩明释放。大师也在释放之例。
大师幼年时曾读《老子.道德经》，因文古意幽，文句艰涩难懂，决心参究其中的义理。后经梢家弟子请求为《道德经》作注，因此，大师从万曆二十年开始落笔构思，一定到参究透彻才落笔，如有一字未通，决不轻易放过。这样努力了十五年才完成了《道德经注》。大师曾说过：「我在写经注解时，总是凝神入观，体契佛心，到了内心智慧明彻时，才写在纸上，如果一涉思议，即不中用。」可见大师的文章，都是从般若心中流出的。