1931年，中国气候异常，江、淮、汉、运、闽、粤诸江河及黄河、东北各水纷纷泛滥。自4月下旬开始，全国各地陆续普降大雨，老天好像被捅了个特大的窟窿，倾盆大雨劈头盖脸地疯狂倾泻在大地上。这次水灾之广，几乎遍及全国，面积占全国2/3以上，受灾人数至少在5，000万以上。今日之中华民族，实已濒九死之绝境！水灾后因饥饿、瘟疫而死的人达300多万人。其中长江中下游发生大水灾，淹没良田2200多万亩，造成灾民2855万，死亡14万。国民党中央在《为赈济水灾告全国同胞书》中所哀叹：“汤汤江汉，滔天未已。茫茫禹迹，沉没堪虞。死者尽葬鱼腹，生者沦为饿殍。斯诚国家之不幸，民族之奇灾！”
面对如此大灾，印光大师倾尽衣钵余资，竭力救灾。阴历六月，汉口初发水灾，明道法师去上海，代大师向救灾机构捐了一百圆。后来其水更大，又捐一百圆。灵岩山寺的法师们，竭尽余力，凑了一百二十余圆，送上海交汉口赈灾会。
八月，江苏大水，如扬州水灾，有房未倒者，蛇与蜈蚣，均盘踞其上，人欲上房，亦不敢上，树上亦然，可怜可怜。
十月初二日，江苏水灾义赈会，急电曹崧乔、袁孝谷前往江北办赈，刻不容缓。随即起行至扬，先会官绅，次设赈局，然后分头调查各处受灾状况。随即函电向苏州，及各方慈善家呼吁，为灾民请命，陆续得洋十伍万左右。其单夹棉衣鞋袜等，或新或旧，共有十余万件。棉被千余条。锅巴药品，为数甚多。
期间，曹崧乔居士打电报请大师劝捐，大师捐出印书洋一千元赈灾。大师给袁孝谷、曹崧乔居士回信说：“昨日灵岩当家妙真师来，合寺大众，减省衣单之费，共凑二百二十八圆。今日已令自送曹府，用赈江北。”介绍南京慈幼院，于十余日前，亦破圩而被水灌入，尚有二十余间房未灌。后又发水，则只十余间。院墙倒许多。所种棉花菜蔬，通被水淹。此次损失，亦颇不少。大师批评：“世之有钱者，尚不肯愍念灾黎，可谓痴人。徒守钱财，以供子孙之浪费，是所谓弃功德而收罪过，为明眼人所怜愍者。其人来生，或恐遇灾，并不逢人为救耳，可不哀哉，可不哀哉。”指出：“灾民之苦，可谓至极，当令念佛，及念观音，由此因缘，得种善根，亦是从根本救济之一法也。”
当时，苏州报国寺邻近有江北灾民茅篷数十个，一日发生大火，完全焚毁。灾民大哭小唤，惨不忍闻。大师心中悯伤，即刻命弘化社办事人员，调查灾户人数，计有九十余口。每人发给大洋三元。当时社中存款不多，竟将角子、铜元完全凑出，不留一文。办事人员都以明日断炊为虑，而不敢言。没过多久，有绿衣邮差送信来，内有汇款百元，正好解了弘化社的燃眉之急。
大师曾经说：“人家供养我的钱，终要替人家造功德。决不留置私蓄，将来死了，被人家叫我是贪财鬼。”大师凡弟子供养香敬，多数用于印刷善书，及救济善举。其自奉之简，感人至深。而大师却自称常惭愧僧，留下了不可磨灭的风范。