华严宗作为中国佛学之大成，亦表现为判教与法界观。华严宗的三时五教，依照《华严经》的义理，卓然而成一周密而合理的判教系统。三时五教的判释，肇始于华严初祖杜顺大师，集大成于华严三祖贤首国师，兹分述如下：
一、三时：时间维度的判属
《华严经》以日出日没为譬喻，显示如来始从成道，终至涅槃，先后说法之次序，即日出先照时、日升转照时与日没还照时。三时佛教各有特色，先照时称为无上根本法轮，转照时称为依本起末法轮，还照时称为摄末归本法轮。与五教判分亦具对应关系。
净宗正属日出先照时，因为《华严》末后一著，乃普贤菩萨以十大愿王劝进华藏海众，导归西方极乐世界。上根利智直下承当，发愿求生。钝根众生如聋如盲，杜视绝听。释尊以大悲普度之心，于第二日升转照时，专说净土三经，以念佛法门普应三根，俾令有缘众生往生净土，究竟成佛。又于第三日没还照时，在法华会上，重申净宗，追溯两土世尊因地历史，劝勉大众念佛求生极乐世界。证知净宗念佛法门条贯三时，重重宣演，只是众生根机不同，致有隐显之别。
二、五教：内容的判属
华严五教小、始、终、顿、圆，与天台八教有同有异。华严判教是在继承天台判教的基础上，面对禅宗鼎盛、法相宗异军突起的状况，所建构的新的判教体系，以成华严宗之五教十宗(天台设化仪四教，华严相应立十宗)，从内容到形式，更为完备。五教为小乘教、大乘始教、大乘终教、顿教、圆教。
净宗在五教中，正属顿教与圆教所摄。净宗念佛法门，信愿持名，即得往生净土，一生成办佛果，疾超速证，非渐教迂回屈曲可比，故为顿教所摄。
莲祖基于贤首五教的立场，判释《阿弥陀经》所示念佛法门正诠顿教，兼通终教与圆教。何谓摄于顿教呢?原由有二：其一，从取证佛果来看：通途法门靠自力断惑证真，从初发心直至成佛，经五十五位真菩提路，乃至历三大阿僧祇劫方得成佛，其事甚难，其道甚远。今此持名念佛，乘佛愿力，即得往生，既往生已，即得三不退(阿鞞跋致)，可谓弹指圆成八万门，一生取办僧祇果。如将法王宝位，直接授与庸劣凡夫。不历阶级，顿超直入，非渐教迂回屈曲之能比拟。其二，从修证方法来看：顿教之旨，一念不生即名为佛。今此持名念佛正谓无念，良由一心执持名号，则不以有心念(能念之心本体自空，所念之佛了不可得)，不以无心念(能念之心惺惺不昧，所念之佛历历分明)，不以亦有亦无心念(有处全空，空处全有，互夺两亡，故非双亦)，不以非有非无心念(因有念显无念，因无念显有念，互成双立，故非双非)。离此四句，更有何念?虽然名为念佛，实乃无念之念(由体起用)，念而无念(摄用归体)，是名一心。是故持名一心不乱，与一念不生无二无别。是故《阿弥陀经》正属顿教。
何谓兼及终教与圆教呢?大乘终教开显中道妙有，定性阐提皆当作佛，称合大乘至极之说。今净土法门以一切众生(蠕动蜎飞乃至阿鼻众生)念佛，定当往生成佛，即定性阐提皆作佛义。
圆教乃圆满无缺圆融无碍之谓。《大方广佛华严经》乃释尊成佛之初，为法身大士称性直谈的大不思议妙典。事事无碍法界具摄十玄门(通过此十种玄妙之门，能契入华藏世界无尽性海)，彰显圆教秘藏精髓，为《华严经》所独具。而《华严》十玄门亦体现在大小《弥陀经》中(《无量寿经》称大本)。是故《华严经》全圆、《弥陀经》分属圆教。会通二经圆融玄境，略有十同，分述如下：
1、无情说法同
华藏世界一尘一毛，有形无形之物，皆悉演出妙法言音，天鼓法尔流出苦空无我之音，俾令华藏大士远离尘劳，增进道业。西方极乐世界亦复如是。宝池德水波扬无量自然妙声，杂色之鸟昼夜六时出和雅音，香风拂树演畅妙法，悉皆宣演五根、五力、七觉分、八正道分诸法门。诸往生者闻是音已，皆生念佛、念法、念僧之心。无情说法，妙德难思。彰显情与无情同圆种智的华严玄境与一切皆成佛的弥陀愿心。
2、一含无量同
华严一微尘中，具足十方法界无尽庄严。善财童子赞叹弥勒楼阁云：“是不动本处能普诣一切佛刹而庄严者之所住处。”佛母摩耶夫人云：“又善男子，彼妙光明入我身时，我身形量虽不逾本，然其实已超诸世间。所以者何?我身尔时量同虛空，悉能容受十方菩萨受生庄严诸宫殿故。”西方净土亦复如是。于一一宝树中，悉能显现十方佛刹，犹如镜中之像。又释尊加持阿难及与会大众，悉见阿弥陀佛净刹无量庄严，诸菩萨众宫殿随身，遍至十方供养诸佛的景观;大势至菩萨天冠上的宝瓶光焰中，映现十方诸佛净土，彼此都无增减，显示空间广狭自在的解脱境界。
3、不动周遍同
华严诸佛菩萨于寂灭道场本身不动，无量化身遍周法界，广作上求下化的佛事。八住菩萨(童真住)即能现变化自在身，一刹那顷，游行无数世界。又十行颂云：“佛刹无边无有数，无量诸佛在其中。菩萨于彼悉现前，亲近供养生尊重。”西方净土亦复如是。诸往生者，承佛威神，一食之顷，遍至十方无量世界，供养诸佛。昔觉明妙行菩萨，自极乐国来此土临坛示偈云：“一月光含千世界，分身无量照群迷。当知本体原无二，不动庄严变化机。”西方净土诸菩萨身不动摇，而遍十方种种应化，开启诸众生烦恼淤泥中的正觉莲华故，其悲智德用与华藏大士无二无别。
4、见闻获益同
华藏世界种种景物，具彰法性，令见闻者悟入妙如来藏。一切宝盖从菩萨行持波罗蜜所生出，一切华帐于佛境界清净解所生，一切衣由无生法忍所生，一切宝宫殿从解诸法如梦欢喜心所生。若有众生见药王树(依报)与佛身(正报)，即能净除业障，六根清净。乃至弥勒楼阁即菩提相，胜热婆罗门火聚刀山即是般若无分别智，令善财童子心开意解，至菩提道场。西方净土亦复如是。诸往生者见阿弥陀佛道场宝树，闻声嗅香，尝其果味，触其光影，念树功德，由此因缘，乃至涅槃，五根无患，心无散乱，皆于阿耨多罗三藐三菩提得不退转。复由见彼菩提树故，获三种忍。何等为三?一者音响忍，二者柔顺忍，三者无生法忍。又诸众宝莲华、楼阁宫殿、百鸟铃铎、宝池德水等，悉能令往生者获致住相证果之法益。立像竖臂，触目皆道;托事显法，妙境无尽。
5、八难顿超同
八难是指遮止佛化的八种障难，即地狱、饿鬼、畜生、盲聋喑痖、世智辩聪、佛前佛后、北俱卢洲、无想天。这八类众生或因剧苦、或因愚痴、或因根缺、或因享乐等原由，不能得到圣人的教化。然诸佛大悲不舍八难众生，威神垂救。《华严经》中，释尊告宝手菩萨言：佛为菩萨时，于兜率天宫放大光明，名光幢王，照十佛刹微尘数世界。彼世界中地狱众生遇斯光者，众苦休息，咸生欢喜，踊跃称庆。从彼命终，生兜率天。天中有鼓，名甚可爱乐，为彼天子说微妙法。诸天子闻法心解，证入十地。地狱众生顿超证入十地，希有奇特，此乃毗卢遮那如来光明愿力所致。阿弥陀佛亦复如是。阿弥陀佛因地发起平等普度九法界众生之大愿，尤其对三恶道众生备加愍念。度尽阿鼻苦众生的大悲愿，永恒地回响在虚空法界，成为法藏菩萨捍劳忍苦圆成大愿的不竭原动力，并在弥陀果地上得以兑现。阿弥陀佛至彼地狱最上之顶，垂金色臂慈音告敕，放大光明，其音随光，直至地狱渊底。阿鼻受苦人及同受剧苦的狱囚，见弥陀光明，又闻慈音告敕，忽得本心，增益善念，踊跃欢喜，头面顶礼，称念佛名，随光直上，往生净土。至安养佛刹已，蒙佛摩顶授记，听佛说法，应念悟道，即能飞行游戏神通，分身他方刹土，上供诸佛，教化众生。地狱众生往生获益如是，诸蜎飞蠕动众生往生，亦不胜其数。往生集中所载鹦鹉、八哥、老鼠等往生事例，亦只是无数往生中聊举三五而已。证知阿弥陀佛光明愿力遍一切时处，六道众生但念佛者，悉得往生。八难顿超，彰显阿弥陀佛与毗卢遮那共有的不可思议威神愿力，吾人于此宜知恩报德，铭刻肺腑。
6、出生无尽同
华藏世界重重涉入，映现无穷。经云：如来能于一身现不可说佛刹微尘数头，一一头出尔所舌，一一舌出尔所音声，乃至文字句义充满法界。西方净土亦复如是。又众宝莲华，周满世界。一一宝华，百千亿叶。其华光明，无量种色。青色青光，白色白光，玄黄朱紫，光色赫然。炜烨焕烂，明曜日月。一一华中，出三十六百千亿光。一一光中，出三十六百千亿佛，身色紫金，相好殊特。一一诸佛，又放百千光明，普为十方说微妙法。如是诸佛，各各安立无量众生于佛正道。证知西方净土与华藏世界一样，同具重重无尽之玄境。
7、双垂两相同
华藏世界法报化三身一体。清净法身毗卢遮那佛，为大菩萨示现智德圆满报身卢舍那佛，为劣根众生示现千百亿化身释迦牟尼佛。随众生心，应所知量;以方便智，广度众生。西方净土亦复如是。阿弥陀佛于西方本土，为诸菩萨现六十万亿那由他恒河沙由旬之身，眉间白毫如五须弥，佛眼如四大海水。如是报身非凡夫心力所能观想，是故阿弥陀佛为劣机众生示现丈六小身于池水上，以宿愿力加持，有忆想者，必得成就，显示阿弥陀佛与卢舍那佛同等的慈悲方便。
8、教主法身同
华藏世界以卢舍那佛为教主，西方净土以阿弥陀佛为教主。清凉国师开示：阿弥陀佛即本师卢舍那。永明延寿大师亦云：总持教中(指密宗——注)，亦说三十七佛皆毗卢遮那一佛所现。毗卢遮那内心证自受用，成于五智，从大圆镜智流出东方阿閦佛，从平等性智流出南方宝生佛，从妙观察智流出西方极乐世界无量寿如来，从成所作智流出北方不空成就佛。中央法界清净智，即自当毗卢遮那。言三十七者，五方如来，各有四大菩萨，即成二十五，加上四摄菩萨与八供养菩萨，故成三十七。皆称佛者，皆毗卢遮那一佛所现。莲祖亦认定阿弥陀佛即卢舍那佛，兹又举一例以作佐证：宋代道因法师，修《华严》圆顿教观。临终别徒众曰：“华严世界，洞彻湛明，甚适我怀，今将行矣。”令徒众举所述弥陀赞曰：“无边刹海海涵空，海空全是莲华宫，莲宫周遍遍空海，空海独露弥陀容。阿弥陀佛不生灭，难觅难拈水中月，绝非离句如是身，如是感通如是说”。道因法师临终于华藏虚空刹海的莲华宫中，见到的却是阿弥陀佛的金容。诸佛本迹，凡情难测。蕅祖曾开示“弥陀即是毗卢师，极乐即是华藏界”，信不虚言。由此可推知：释迦牟尼佛即是阿弥陀佛的化身佛。如是，释尊一代时教的结穴归根总在念佛求生净土，乃真实不虚也。
9、不可思议同
释尊一代时教超情离见，不可思议，其圆顿教法尤显大不思议妙德玄境。《华严》以甚深无碍法界缘起为宗。华藏世界乃毗卢遮那如来无量劫备修胜因，悲智双运，严净刹海，无量因缘称性肇起。如海印三昧，同时朗现。相即相入，一法成一切法;因果同时，初发心时即成正觉。圆顿秘藏具摄万法，故被誉为众经之王。诵经一偈能破地狱;沙弥心念《华严》经文帮助天帝，能令阿修罗大军溃散。西国相传，有读此经者，以水盥掌，水沾虫蚁，其虫蚁舍命，皆得生天。足证《华严》妙典神力不可思议。西方净土亦复如是。阿弥陀佛愿心庄严的安乐世界，称性缘起，同时完备，具足万德，妙德难思。经云：其有得闻彼佛(阿弥陀佛)名号，欢喜踊跃，乃至一念，当知此人为得大利，则是具足无上功德。是故弥勒，设有大火，充满三千大千世界，要当过此，闻是经法，欢喜信乐，受持读诵，如说修行……当来之世，经道灭尽，我以慈悲哀愍，特留此经，止住百岁。其有众生，值斯经者，随意所愿，皆可得度。(《无量寿经》)“若有能信如是之事，当知是人不可思议，所得业报亦不可思议。”(《阿弥陀鼓音声王陀罗尼经》)
由上证知，《华严经》与《弥陀经》同属不可思议之圆顿妙典，同诠自性大不思议之体相用。有谓《华严》奥藏不出《阿弥陀经》(蕅祖);有谓净宗念佛法门肇起于《华严》(印祖);有谓《华严》是大本《弥陀经》，《弥陀经》乃小本《华严经》等，诚哉确论。
10、顿齐佛境同
《华严经》诠释心、佛、众生等无差别的圆顿义理。从果门摄法来看，如来成正觉时，于其身中普见一切众生成正觉，乃至普见一切众生入涅槃。以佛所证得的正是众生本觉真心，是故众生全在佛心中。从因门摄法来看，菩萨摩诃萨应知自心念念常有佛成正觉。何以故?诸佛如来不离此心成正觉故。故知自心、一切众生心，亦复如是。是故佛在众生心中。由生佛同体，因果交彻故，众生心中佛，为佛心中众生说法，即凡夫生灭心，便可顿成诸佛不动智。得遇毗卢遮那光明者，皆可证得十地菩萨位，成就无量智慧光明。乃至初发心时即成正觉，虽成等正觉不舍初发心。净土法门亦复如是。阿弥陀佛法性身，入一切众生心想中，是故我等念阿弥陀佛时，阿弥陀佛即时现前。念佛法门以佛果觉作行人修持因心。阿弥陀佛以大愿作众生多善根之因，以大行作众生多福德之缘，令信愿持名者，念念成就西方净土如是依正庄严功德(亦即自性功德)，而皆是已成就，非今成就，非当成就。此则以阿弥陀佛种种庄严作增上本质(托彼名号)，带起众生自心种种庄严(显我自心)。信愿持名，全摄佛功德为自功德，香光庄严。念佛时即作佛时，亦即成佛时。一念相应一念佛，念念相应念念佛，顿齐佛境，难思难议。
综上所述，莲祖以楷定古今之气概，将《阿弥陀经》与《华严经》圆融会通，拈出二经十种相同之处，用以佐证《华严》全圆、《弥陀经》分圆之判教，这对宋明以来宗门教下轻贱净土的强势偏见，不啻当头一棒。《疏钞》问世流通伊始，亦受到多方攻讦。有人以为《阿弥陀经》所示持名念佛，毕竟是愚夫愚妇所行之浅法，《疏钞》穿凿使之深，故不可。又有人谓《阿弥陀经》属方等经，《疏钞》判为圆教，则不可。伊时有一精研《华严》的曹鲁川居士亦致书莲祖云：“《佛华严》乃无上一乘圆教，如来称性之极谈，非教非宗，而即宗即教;不空不有，而无垢无净。是在《法华》，犹较一筹，若余乘似难与之较长比短也者。尊者乃与《弥陀经》并称，已似未妥。”莲祖对诸如此类之见解，予以慈悲而严正的辩驳，摧邪显正，中兴净宗，厥功甚伟。面对诸多诽议，莲祖常喟然感叹：“佛谓此经难信之法，不其然乎?!”
吾人深体莲祖的圆顿之判与二经十同，对古德赞誉净宗念佛法门为圆顿中至极圆顿，信非溢美之辞，无稽之谈。深信净土法门，始是深信法界圆融理;已悟法界圆顿理，方肯炽然求往生。如是往生即向上圆顿了义无伦匹，如是解行方契莲祖判教本意。
净宗亦复兼通前三教，净宗念佛法门在小乘教、大乘始教与终教中，或显说，或隐说，唯愿善根成熟众生，念佛求生，速成无上正等正觉，表证释尊无尽的悲心，净宗念佛法门的广大圆满。