六根，是指生理学的全部范围。佛教看一个人的构成，是从心理、生理、物理的三方面来分析的。六根是属于生理学，加上六尘的物理学及六识的心理学，便是一个人的总和，六根、六尘、六识的形成，称为十八界，十八界的三大类，构成鼎足之势，相互为用，缺了一类，其他的二类也就不能存在。因为六尘与六识要靠六根的媒介才有作用，六尘与六根要靠六识的判别才有价值，六根与六识要有六尘的反映才有功效。
如果要下一个比喻，那么，六根是镜子，六尘是被镜子所照的影像，六识是判别镜中所照影像的人。
什么是六根、六尘、六识?
说起来，很简单，那就是：眼、耳、鼻、舌、身、意，从心理与物理的媒介功能上说，称为六根，也就是生理学上的神经官能。眼有视神经，耳有听神经，鼻有嗅神经，舌有味神经，身有感触神经，意有脑神经，这些都是心与物的媒介的根本，所以称为六根。
从六根所接触的物件上说，称为六尘，也就是物理学上的各类物质。眼根所见的颜色和形色，耳根所听的声音，鼻根所嗅的香臭，舌根所尝的味道，身根所触的粗细冷热与湿滑等，意根思想的称为“法”──漪指的极微极远的无从捉摸的东西，这些就被称为六尘。
从六根接触六尘而产生的判别力与记忆力上说，称为六识。如果没有六识而仅有六根与六尘，那就不是活人而是死尸，所以，六识是六根的操纵者，六根是六识用来接触六尘的工具。
那么，为什么要称为六根清净呢?
因为六根是六识的工具，作善作恶，固然是出于六识的主张，造成善恶行为的事实，却是在于六根的作用。人之流转于生死轮回的苦海之中，就是由于六根不曾清净，自从无始以来的一切罪业，均由六根所造，比如眼根贪色、耳根贪声、鼻根贪香、舌根贪味、身根贪细滑、意根贪乐境。
有贪，也必有嗔，贪与嗔，是由无明──烦恼而来，合起来，就是“贪、嗔、痴”的三毒交加，恶多善少，永无出离生死苦海的日子了。
修持解脱道的工夫，不外戒、定、慧的三学，但是，慧的主要根源是戒与定，所以修持的入门工夫，应从身心的两方面着手，一是修身，一是修心。
把不好的念头修理掉，称为修心，修心的主要工夫是禅定;把不好的行为修理掉，称为修身，修身的主要工夫是持戒;持戒的目的是在守护根门──守卫保护住六根的大门，不让坏事从六个根门之中溜进我们的心田，以致种下生死流转的祸苗。
因为，一个凡夫，除了进入禅定的境界而外，就不能没有妄想，妄想是促成六根造业的导火线，佛教的戒律，就是妄想与六根之间的保险丝或灭火器，在戒律的防卫之下，六根才能渐渐地清净，一旦到了六根清净的程度，超凡入圣的境界，也就快要接近了。
事实上，凡是贪逐于物境的受用，总是六根不净，不论是看的、听的、嗅的、吃的、穿的、玩的、用的，只要有了贪取不舍的情形，就是六根不净。因为除了男女及钱财等的问题，都不容易觉察出来，净与不净，也就很少有人细心地注意它了。
如果六根不执六尘，六根不受六尘的支配与诱惑，那么，六根就从六尘之中得到了解脱，解脱了的六根，便是自由的六根，自由的六根，自然可以彼此互用而不分界限了。这个自由的六根，也就是清净的六根，因为自由的六根虽然仍与六尘打交道，但已不受六尘的引诱而造生死的染污之业，所以称为六根清净。
说得明白一些，所谓六根清净，不是没有了六根，而是我们的生理官能，不再随着外境的幻象而转，这就叫做一尘不染──但这绝不是等闲的工夫所能办到的事。
六识发动六根而接触六尘，六尘映入六根而由六识判别及记忆保存，再从六识的记忆保存中显现出来，发动六根贪取六尘，就这样交互回还而造成生生死死之流，六根清净的目的，便在断绝并超越这一生生死死的生命之流。