黑豆芽夏季在遮荫或凉爽的室内进行，冬季在温室或室内进行。黑豆芽菜生产周期短，10天左右就可采收。立体栽培用的盘架可用角铁、木材制作，尺寸空间而定。一般每层间距在40厘米，让下层芽菜有光照。苗盘可用塑料育苗盘，底部平整有排气孔。
黑豆芽所用的黑小豆必须用新种，发芽率高于90%。将挑选干净的种子放在20℃的温水中泡36个小时，让种子吸足水分以利发芽。播种不用任何农肥，可采用吸水性较强的新闻纸放在苗盘内，用水将纸润湿后即可把种子均匀撒播盘中。每盘用种量在0.25公斤左右。多面手将苗盘叠放好，一般5－10盘为一摞，最上层用湿麻袋保温。室温保持在22℃左右，两三天就可长至1厘米左右，此时即可分开上架，每天喷水3次，以保持纸盘内湿润并不积水。在20℃条件下，一个星期左右长度达8厘米长时即可采收。