芥蓝在贮运过程中最容易出现的问题是肉质硬化与开花落蕾。这也是一种老化的表现。最有效的办法是降低温度，不让花苔在贮运过程中继续生长。芥蓝不怕冷，因此适合用低温保鲜而不需用药剂防腐。作为贮藏或外销的芥蓝，加工操作流程如下：
采收时带幼嫩的小花蕾，但是花苔高度不能超过叶片的高度。清晨采收，手套铁指甲，或用小刀切断菜苔，轻轻放入箩筐，运回加工场，需要预冷但不能浸水冷却。最理想是真空冷却。出口芥蓝常用真空预冷，保鲜效果最好。这样做又可以先包装后预冷，方便操作。如果没有预冷设备，也可以把芥蓝放入冷库，库温定在0℃，连续开机，次日菜温降下来后再用箩筐包装，内垫0.03毫米的薄膜，或者用防水纸箱包装。温度控制在1－2℃，相对湿度95－98%。如果芥蓝的质量好，贮运期一个月，除稍有轻耗外，商品率100%，不开花，不落蕾，风味正常。
值得注意的问题：第一、采后的芥蓝不要过水。这是保持菜苔柔软爽口的关键；第二、芥蓝的叶片有特殊蜡层，田间要防好病虫，采后不需进行防腐处理；第三、短途运输最好加碎冰降低菜温，但是碎冰千万别直接与叶片接触，否则叶片将被烫伤，变青软，容易腐烂，失去商品价值。