红枣的副作用就是吃多会胀气，亦有损消化功能，造成便秘等症。因此应注意控制食量。而且湿热重、舌苔黄者不宜食用。另外，红枣因糖分丰富，尤其是制成零食的红枣含糖量异常丰富，所以并不适合糖尿病患者吃，以免血糖增高，使病情恶化，并且吃太多的红枣，又没有喝足够的水，会导致蛀牙。
另外，月经期间，一些女性会出现眼肿或脚肿的现象，其实这是湿重的表现，这些人就不适合服食红枣，因为红枣味甜，多吃容易生痰生湿，水湿积于体内，水肿的情况就更严重。如果有腹胀的人，也不适合喝红枣水，以免生湿积滞，越喝肚子的胀风情况越无法改善。体质燥热者，也不适合在月经期间喝红枣水，这可能会造成经血过多。