大师法名智旭，字蕅益，号西有，俗姓钟。大师先祖本是汴梁人，后来南迁于吴县。大师母亲金氏，父亲文岐仲公持白衣大悲咒十年，梦见观音菩萨送子而生下大师，那年正是明朝万历27年已亥岁5月3日亥时。
大师一生，通儒、通禅、通律、通教，但自谦上不敢与古代儒家、禅门、律宗、教下的大德相比拟，又不屑下与当代儒家、禅门、律宗、教下的名流相并列，故而自号八不道人，谦逊地自称自已是不像儒家士子、不像禅师、不像律师，也不像教下佛子。
大师从7岁开始吃素，12岁到老师家读书，学习孔圣人的学问。立志要光大儒门，扫灭佛家老子，作千古第一人。并从此开荤饮酒，写下数十篇文章，论证释迦老庄之学为异端邪说，予以驳斥。曾在梦中与孔子颜回相见，请教学问。
17岁时，大师读了莲池大师所作的《自知录序》及《竹窗随笔》，从此再不敢诽谤佛法，并取出以前所著的驳斥佛法的文章全部烧毁。
20岁时，大师注释论语，到“天下归仁”这句话时，注不下去了。因而废寝忘食，苦思冥想整整三天三夜，从而对孔子颜回的道德学问彻底明了。这年冬天，因父亲去世，大师读《地藏经》，得闻地藏菩萨不可思议的大愿，从此有了出世间心。
22岁时，大师开始专心致志地念佛，将以前所写的文章2000余篇尽数焚毁。
23岁时，大师听人讲《首楞严经》。听到“世界在空，空生大觉”这句经文时，顿生疑念：“从哪里来的大觉，以致成为虚空的本源?”大师思来想去，不得其解。又因在念佛时神识昏散，功夫不能成片。由此缘故，大师决意要出家，身体力行，探究生死大事。
24岁时，大师梦见憨山大师。哭着向憨山大师表述缘份浅薄、相见恨晚的心情。憨山大师对他说：“这是苦果，你应该寻求苦因。”话没说完，大师就对憨山大师说：“弟子一心求学上乘佛学，不愿听闻小乘苦、集、灭、道的四谛法。”憨山大师说：“居士有大志向，真是可喜，将来纵然不能成为黄蘖临济一流人物，也必然成为岩头德山一流人物。”大师听后，心中还有许多疑虑，正准备请问，不知什么东西一声响，使他从梦中醒来。大师想：“古代大德有什么高下差别，这不过是自己的妄想分别罢了。”如此一月之内，大师三次梦到憨山大师，而憨山大师又住在曹溪，相距太远，无法相随。于是大师就在雪岭师座下剃度出家，取法名智旭。雪岭师是憨山大师的门人弟子。
这年夏秋之季，大师居住于云栖寺，听古德法师讲唯识论。唯识论抽像思惟非常深刻，难度也非常大，但大师一听就明白了。明白之后又怀疑与《首楞严经》宗旨相矛盾。他请问古德法师，法师说：“性宗、相宗不能混合。”大师非常奇怪，同属佛法，岂能是两叉路。一天，大师听古德法师说：“不怕心念起，只怕觉悟迟。”大师就问，“假如众生死后的中阴身入胎，一念起，就受生，此时纵然迅速觉悟，又如何能脱出子宫。”法师说：“你现在入胎没有?”大师笑笑，没有回答。法师又说：“你已入胎了。”大师无话可对。法师说：“你以为今天这个身子，果然是从受胎时才得来的吗?”大师汗流浃背，不能分辩一个字。于是就到径山去坐禅。
等到第二年夏天，大师在精进坐禅之中，忽然感觉身心世界全部消亡。这时才知道，这个身子从无始以来，当处出生，随处灭尽，都不过是坚固妄想所现出的影子，而且是刹那刹那，念念不住，的确不是从父母所生。从此以后，性宗相宗，在大师心中，融会贯通，一齐透彻，本来就没有什么矛盾之处，不过是纵横交错的邪说，遗误后人罢了。到这时，一切经论，一切公案，无一不在大师心中涌现。但大师很快更进一步地觉悟：“这还不是圣人境界。”因此从来未对一人炫耀。久而久之，大师胸中空空如也，再没有一个字迹了。
26岁时，大师受菩萨戒。27岁时，大师遍读所有律藏经典，方知世上修行，以讹传讹，戒律多有错失。
28岁时，大师母亲病危，多次割臂肉入药，都未能挽救母亲的性命，大师痛彻心肺(既然觉悟此身并非父母所生，为何又割臂肉救母?请参究!)。埋葬了母亲之后，大师焚笔弃砚，矢志要往深山修道。因为同参道友鉴空师的挽留，故而在松陵寺闭关。在闭关中大师得了一场大病，在性命交关之际，大师觉悟到，若欲了生死，还须归净土。从此大师以参禅的工夫，求生西方净土。
30岁时，大师出关朝海，准备前往终南山。道友雪航师愿向大师学习戒律。大师于是继续留住龙居，并著写讲述了《毗尼事义集要》和《梵室偶谈》两本书。这一年，大师遇到了惺谷、皈一两位同修，互相之间得益颇深。
31岁时，大师送惺谷道友到博山剃发出家后，又随无异禅师到金陵。二人同行共住、言谈话语有百十来天，因而对当时禅宗的流弊了如指掌，所以一心一意弘扬戒律。大师自谦自己对戒律的理解虽然深刻，但烦恼习气特别重，身语意业多有玷污，所以誓死不作和尚《和尚，梵语音译，意为亲教师》。大师说自己是三业未能清净，却妄有知解戒律的名声，名过其实，是修道人平生之耻。
32岁时，大师准备注释《梵网经菩萨戒心地品》，就作了四个阄问佛，一个写着学贤首，一个写着学天台宗，一个写着学慈恩大师法相宗，一个写着自立宗门。几次拈阄都是天台宗，于是一心一意以天台宗的法门修学，只是不肯自居天台弟子。因为当时天台宗与禅宗、贤首宗、法相宗，各执门户之见，互不相容。后来有人说，大师是独独弘扬天台，大师说他们是以耳为目，错之极矣。
33岁时，大师的同修道友惺谷、璧如二人去世，大师便进入灵峰过冬，并准备通读《大藏经》。
35岁时，大师主持建造了西湖寺，并著写讲述了《占察行法》一书。
37岁时，大师住于武水，著写讲述了《戒消灾略释》、《持戒犍度略释》、《盂兰盆新疏》3本书。
38岁时，大师住于九华山。第二年，著写讲述了《梵网合注》一书。
41岁时，大师住于温陵，著写讲述了《大佛顶玄义文句》一书。
42岁时，大师住漳州，著写讲述了《金刚破空论》、《蕅益三颂》、《斋经科注》3本书。
44岁时，大师住于湖州，著写讲述了《大乘止观释要》一书。
46岁时，大师住于灵峰，著写讲述了《四十二章经解》、《遗教经解》、《八大人觉经解》3本书。
47岁时，大师住石城，著写讲述了〈周易禅解〉一书。这年秋天，大师移居祖堂，2年后，著写讲述了〈唯识心要〉、〈相宗八要直解〉、〈弥陀要解〉、〈四书蕅益解〉4本书。
51岁那年冬天，大师返回灵峰，著写讲述了《法华要义》。第二年，又著写讲述了《占察疏》一书，并依据佛典，针对时弊，重新制定了律要。
54岁时，大师住晟溪，手著〈楞伽义疏〉。此书到迁居长水才完成。此时，大师还有〈阅藏知律〉、《法海观澜》、《圆觉疏》、《维摩疏》、《大乘起信论疏》等书的著述计划，等待机缘成熟即可成书。
大师生平曾几次对弟子们说：“宋朝注疏之学兴盛，而圣贤传心之法从此晦暗不明，这是以方木入圆孔的缘故!”佛学中随机羯磨出现，而戒律从此衰微，这是乳中加水的缘故!禅宗〈指月录〉一书盛行，而禅道从此败坏，这是给混沌凿出孔窍的缘故!天台宗四教义广为流传，而天台宗从此昏昧，这是死执一个药方救治多种病症的缘故!所以举世之人，儒也罢，禅也罢，律也罢，教也罢，没有不说别人是异物，厌恶、妒忌别人像仇人一样的。大师笑着说：“知我者，莫非只有释迦牟尼佛与地藏菩萨?罪我者，恐怕也只有释迦牟尼佛与地藏菩萨。”
以上传记，录自大师手著的自传，原名《八不道人传》。以下录自大师门人成时法师所记的《续传》前半篇。
灵峰老人、蕅益大师自传，写于壬辰岁腊月。第2年癸巳岁，大师55岁。这年4月，大师到新安，结夏安居3个月后，在歙浦天马寺，手著〈选佛谱〉一书。接着阅读〈宗镜录〉，删除了其中的法涌、永乐、法真等人所删改的杂说，更正了经论引用时的错误和历次刻印所形成的错字。对于360多条问答，一个一个确定大义，标明来龙去脉。阅读结束后，大师为校定《宗镜录》作了4篇跋文。之后，大师又精选大居士袁宏道的著作，只存了一册，题名《袁子》。入秋进入8月后，大师游住于黄山、西岳等处。冬天，又回到了天马寺，手著《大乘起信论裂网疏》一书。
顺治11年甲午岁正月，大师56岁，应丰南仁义寺邀请，前去讲法。法布施结束后，到新安。2月后的褒洒陀日，又回到灵峰。这年夏天，大师带病选〈西斋净土诗〉并亲自撰写赞文，补入《净土九要》。夏天结束的时候，大师也病好了。这年7月，大师著写讲述了《儒释宗传窍义》一书。8月，大师续读全部《大藏经》圆满结束。9月，大师手著《阅藏知律》、〈法海观澜〉2书。10月，大师又病，病中曾写下《独坐书怀》律诗4首，其中有“庶几二三子，慰我一生思”的诗句。11月18日，大师曾作病中口号偈。腊月初三，大师曾作《病间偶成》七律一首，其中有“名字位中真佛眼，未知毕竟付何人”的诗句。
这天，大师口授遗嘱，有如下4条：一是让照南、等慈2位弟子主持以后的授五戒、菩萨戒事宜;二是让照南、灵晟、性旦3位弟子代座代请;三是让弟子们把他的尸骨火化后，将骨灰磨成粉，和入面中，分成两份，一份布施于鸟兽，一份布施于水族，与十方众生普结西方之缘。腊月13日，大师在寺中兴办净社，并亲自起草愿文。接着，大师手著《求生净土偈》6首。除夕时，大师作《艮六居铭》并作偈一首。
乙未岁元旦，大师作偈语2首。正月20日，病情加重。21日早晨起床后，大师病好了。到中午时，大师结跏趺坐于绳床，向西举手而逝，享年57岁。3年后，门入弟子将如法荼毗。启龛而视，只见大师遗骨，头发长到盖过耳朵，面貌如生，端然趺坐，连牙齿都没有一颗损坏的。弟子们不忍心遵照遗命，磨骨和面，就将大师遗骨安葬于灵峰之大殿右侧的塔中。
大师住世时，禅门中许多人都说净土是权教，遇到念佛人，都让参究“念佛是谁”。而大师坚持认为念佛一法，就是圆顿心宗。大师曾开示众人说：“念佛法门，别无奇特，只是深信力行为要。佛云，若人但念阿弥陀，是名无上深妙禅。天亲云，四种三昧，同名念佛，念佛三昧，名为三昧中王。云栖云，一句阿弥陀佛，该罗八教，圆摄五宗。”大师著述编辑的著作，共计40多种，其中《净土十要》一书，凡修行净业的人，不可不读。
佛啊，好痛心啊!世间之眼入灭，正法之幢折断!那些恶心向佛的邪魔，谁去救正?那些好心而遭受荼毒的人们，谁去扶持?莫不是我们这一辈众生业障深重，不能感应圣人久住于世吗?