菊花茶具有散风热、平肝明目等功效。据现代医学研究证实，菊花茶具有降血压、消除癌细胞、扩张冠状动脉和抑菌的作用，长期饮用能增加人体钙质、调节心肌功能、降低胆固醇，适合中老年人和预防流行性结膜炎时饮用。对肝火旺、用眼过度导致的双眼干涩也有较好的疗效。
另外菊花茶还含有挥发油、菊甙、腺嘌呤、氨基酸、胆碱、水苏碱、小蘖碱、黄酮类、菊色素、维生素，微量元素等物质，可抗病原体，增强毛细血管抵抗力;其中的类黄酮物质已经被证明对自由基有很强的清除作用，而且在抗氧化，防衰老等方面卓有成效。
但是菊花茶不宜长期连续饮用，一般3至5天即可。而体质偏寒的人不妨放点枸杞，而脾胃虚寒的人最好少喝。阳虚体质的人，如果一味地喝具有清热泻火功效的菊花茶，容易损伤正气，越喝越虚，尤其是脾胃虚寒的人，多喝性凉的菊花茶还容易引起胃部不适，导致反酸。