修持一切法门都要有三个殊胜的摄持：前行发心殊胜，正行无缘殊胜，后行回向殊胜。
我们为什么要修持金刚萨垛法门?不是为了自己，也不是为了某某众生，而是为了修持成佛，成佛以后度化一切父母众生。这是前行发心殊胜，发菩提心。
然后是正行。观修金刚萨垛、念诵百字明的整个过程要用证悟空性的智慧来摄持，观三轮体空。
第一个体，是我们所观想的对境，上师金刚萨垛佛;
第二个体，是我们所修的法，金刚萨垛除障法;
第三个体，是修行者自己。
将这三轮观为空，观性空妙有;都是真空的，但也是妙有的。
金刚萨垛怎么会在空中?自己的上方为什么能出现上师金刚萨垛?为什么能降下许多甘露，能消除所有的业障?都是因为性空，所以才有妙有。你要相信这个道理、有这种智慧才能观。如果有怀疑，都观为真实真相，都是那么粗大的物质是不行的。
这个过程中需要正行无缘，正行无缘是不执着。一切都要观为性空，性空才有妙有，妙有才有性空，这些都是不可思议的。你相信不可思议，你懂得了不可思议的道理，才有不可思议的因果，才能降下甘露，才能消除业障，才能得以清净。因为都是性空，才有妙有;因为妙有，才有这些结果。
最后是后行回向殊胜。现在很多人总是回向给某某人，这样不圆满。我们为了什么念修金刚萨垛?是为了早日修持成佛，成佛之后是为了救度众生。我们无论什么时候都不应该忘记一切父母众生，回向的时候也应该回向给一切众生，愿自己所做的功德、所积的福德、所种的善根，都成为一切众生解脱、成佛的因缘。
我们回向的对境是无量的，回向的功德也是无量的，这是使功德得以圆满的一种方法，一种善巧方便;回向的对境大，自己得到的功德就多。为自己、为某某众生回向，你得到的功德就特别的小，因为你的对境小、心量小。首先是皈依，要真正有皈依上师三宝的决心。然后是发菩提心，要有度化无量众生的广大愿心。还有，要懂得轮回的过患，并深信因果不虚的道理。这些都是最基本的修法。